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Jena Bioscience:生物素(Biotin)和地高辛(Digoxin)

發(fā)布者:艾美捷科技    發(fā)布時(shí)間:2024-04-02     
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由于其的安全性、穩(wěn)定性和便利性,半抗原生物素(Biotin)和地高辛(Digoxin)是用于生成用于原位雜交、基因表達(dá)分析或電泳遷移率變化實(shí)驗(yàn)(Electrophoretic Mobility Shift Assays,簡(jiǎn)稱EMSA)的核酸探針的極為常見標(biāo)簽之一。

這些標(biāo)簽通過標(biāo)記的核苷酸,可以直接(使用生物素化/地高辛化的核苷酸)或間接(通過合并帶有活性基團(tuán)的核苷酸類似物,隨后進(jìn)行生物素化/地高辛化)酶促反應(yīng)引入到DNA和RNA中。隨后,生物素標(biāo)記的探針可以通過與辣根過氧化物酶(HRP)偶聯(lián)的鏈霉親和素、堿性磷酸酶(AP)或熒光染料檢測(cè),而地高辛化通常通過HRP或AP修飾的抗體來可視化。

對(duì)于大多數(shù)應(yīng)用來說,生物素是首選標(biāo)簽。然而,在某些情況下,生物樣本中內(nèi)源性的生物素可能會(huì)干擾檢測(cè),導(dǎo)致高背景或甚至假陽性。在這些情況下,建議使用地高辛,這是一種僅在洋地黃植物中存在的類固醇。

Biotin.png

  

核酸標(biāo)記是通過體外聚合反應(yīng)實(shí)現(xiàn)的,例如聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)。四種天然脫氧核苷酸(dNTPs)或核苷酸(NTPs)中的一種(或多種)被部分替換為帶有連接物的類似物,該連接物將標(biāo)簽連接到核苷酸部分的特定位置。這要求核苷酸類似物與聚合酶以及目標(biāo)序列兼容。由于這種兼容性取決于:1)被替換的核苷酸類型和連接物附著位置,2)連接物的類型(結(jié)構(gòu))以及連接物的長度。

理論上,可能存在非常多的類似物。然而,在實(shí)踐中,這被減少到一組已被證明對(duì)大多數(shù)都能產(chǎn)生良好標(biāo)記結(jié)果的類似物。特別突出的類似物是在其5位被修飾的尿苷三磷酸,其次是5位被修飾的胞苷三磷酸,以及在7-去氮或N6位置有替換的腺苷三磷酸。關(guān)于連接物的類型(結(jié)構(gòu)),脂肪族氨基烯丙基、炔丙基氨基和氨基己基連接物已被證明不會(huì)參與Watson-Crick堿基配對(duì),因此能夠產(chǎn)生良好的雜交結(jié)果。

Watson-Crick.png

  

除了連接物的結(jié)構(gòu),連接物的實(shí)際長度也顯著影響探針的產(chǎn)量、標(biāo)簽的結(jié)合以及標(biāo)簽可視化的靈敏度和可重復(fù)性。一般來說,短連接物會(huì)產(chǎn)生豐富的探針產(chǎn)量,但可能會(huì)阻礙標(biāo)簽的結(jié)合和/或探針表面標(biāo)簽的充分可及性,而長連接物則會(huì)增加標(biāo)簽對(duì)檢測(cè)試劑的可及性,但會(huì)導(dǎo)致探針產(chǎn)量降低。目標(biāo)是在結(jié)合率和檢測(cè)效率之間達(dá)到合適的平衡,這通常通過使用11個(gè)原子或16個(gè)原子的連接物來實(shí)現(xiàn)。

Biotin-4-dUTP.png

Biotin-11-dUTP.png

Biotin-16-dUTP.png

Biotin-18-dUTP.png

在1 kb的PCR實(shí)驗(yàn)中(使用1ng的λ DNA,將TTP替換為生物素-dUTP的比例為0-100%),隨后通過Southern Blotting和通過Streptadvidin-HRP檢測(cè)生物素(Biotin),標(biāo)簽的結(jié)合顯著依賴于連接物的長度。雖然在這個(gè)特定的實(shí)驗(yàn)中,4個(gè)原子和18個(gè)原子的連接物顯示出極弱的標(biāo)記,但Biotin-11-dUTP和Biotin-16-dUTP顯示出顯著更高的靈敏度,并且能夠容忍更廣泛的dTTP替換范圍。



DNA/cDNA標(biāo)記(DNA/cDNA Labeling):

通過標(biāo)準(zhǔn)的酶促技術(shù),如聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)、缺口翻譯(Nick Translation)、引物延伸(Primer Extension)或末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶(Terminal deoxynucleotidyl Transferase,簡(jiǎn)稱TdT)介導(dǎo)的3'端標(biāo)記和逆轉(zhuǎn)錄(cDNA探針),可以生成隨機(jī)和定點(diǎn)生物素化/地高辛化的DNA和cDNA探針。DNA探針標(biāo)記主要通過PCR、缺口翻譯或引物延伸進(jìn)行,并應(yīng)用于原位雜交或DNA微陣列技術(shù)。3'端標(biāo)記的典型應(yīng)用包括TUNEL(凋亡的原位定位)或電泳遷移率變化實(shí)驗(yàn)(EMSA)實(shí)驗(yàn)。逆轉(zhuǎn)錄法標(biāo)記cDNA通常用于基因表達(dá)分析的DNA實(shí)驗(yàn)中。

cDNA Labeling.png

 

Jena Bioscience提供了多種具有不同連接體長度的半抗原標(biāo)記的((d)d)NTP類似物,這使得能夠?yàn)樘囟☉?yīng)用選擇合適匹配的產(chǎn)品。


用于DNA標(biāo)記的生物素化核苷酸:

DNA標(biāo)記cDNA 標(biāo)記
核苷酸貨號(hào)PCRNT引物延申3' 末端標(biāo)記RT
dUTP
Biotin-11-dUTPNU-803-BIOX√1,2√2√2√2√2
C5 position
Biotin-16-dUTPNU-803-BIO16√1,2√2√2√2√2
C5 position
dCTP
Biotin-11-dCTPNU-809-BIOX√1,2√2√2√2√2
C5 position
Biotin-16-dCTPNU-809-BIO16√1√2√2√2√2
C5 position
Biotin-14-dCTPNU-956-BIO14-√2√2n/an/a
N4 position
dATP
Biotin-7-dATPNU-835-BIO-√2√2√-n/a
N6 position
Biotin-14-dATPNU-835-BIO14-√2√2n/an/a
N6 position
Desthiobiotin-7-dATPNU-835-Desthiobio-n/a√2n/an/a
N6 position
Biotin-11-dATPNU-1175-BIOX√1,2√2√2n/a√2
7-Deaza position
dGTP
Biotin-11-dGTPNU-1615-BIOXn/an/an/an/an/a
7-Deaza position
ddUTP
Biotin-11-ddUTPNU-1619-BIOX---√2-
C5 position
ddATP
Biotin-11-ddATPNU-1612-BIOX---√2-
7-Deaza position

 

用于DNA標(biāo)記的地高辛/二硝基苯酚修飾的核苷酸:


DNA 標(biāo)記cDNA 標(biāo)記
核苷酸貨號(hào)PCRNT引物延申3' 末端標(biāo)記RT
dUTP
Digoxigenin-11-dUTPNU-803-DIGX√1,2√1,2√2√2√2
C5 position
Aminoallyl-dUTP-DNPNU-803-DNP√1n/an/an/an/a
C5 position
ddUTP
Digoxigenin-11-ddUTPNU-1619-DIGX---√2-
C5 position


特殊備注說明:

PCR: Polymerase chain reaction with Taq Polymerase(Taq聚合酶的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng));

NT: Nick Translation with DNAse I / DNA Polymerase I(DNA酶I/DNA聚合酶I的Nick翻譯);

Primer Extension: Primer Extension with Klenow 3'-5'exo-(Klenow 3'-5'exo-引物延伸法);

3'-End Labeling: Incorporation with Terminal deoxynucleotidyl Transferase (TdT)(摻入末端脫氧核苷酸轉(zhuǎn)移酶(TdT));

RT: Reverse Transcription with Moloney Murine Leukemia Virus Reverse Transcriptase (MMLV RT)(用莫洛尼鼠白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶(MMLV RT)進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄).

1: in-house tested(內(nèi)部測(cè)試)

2: external reference (see datasheet)(外部參考(見數(shù)據(jù)表))

n/a: no data available(無資料)

- : not applicable(不適用) 

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Jena Bioscience成立于1998年,由德國馬普研究所(MPI)的分子生理學(xué)家共同創(chuàng)立。該生物公司致力于為全球科研機(jī)構(gòu)、醫(yī)院、醫(yī)學(xué)院、制藥企業(yè)和診斷試劑盒生產(chǎn)企業(yè)提供各種研發(fā)和臨床前生物試劑。憑借其強(qiáng)大的科研實(shí)力和前沿的學(xué)術(shù)研究水平,Jena Bioscience已發(fā)展成為一個(gè)擁有完整生物試劑產(chǎn)品線、超過7500種產(chǎn)品的跨國企業(yè),為全球50多個(gè)國家的客戶提供生物試劑服務(wù)。

Jena Bioscience的主要產(chǎn)品包括核苷/核酸制品系列(包括合成的類似物)、重組蛋白及蛋白表達(dá)系統(tǒng)、點(diǎn)擊化學(xué)產(chǎn)品系列、在結(jié)構(gòu)學(xué)研究方面全面提供晶體篩選試劑盒、優(yōu)化試劑、工具和各類耗材等。此外,還提供分子生物學(xué)和生物化學(xué)研究的定制試劑與研究服務(wù)。

武漢艾美捷科技有限公司,簡(jiǎn)稱艾美捷,擁有進(jìn)出口資質(zhì)和自己的國際物流,與國內(nèi)外90余家知名的試劑、原料及技術(shù)服務(wù)供應(yīng)商深度合作,是國內(nèi)生物制藥企業(yè)、診斷企業(yè)、跨國藥企、各大高校院所采購平臺(tái)的首選定供應(yīng)商。

 


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