DNA甲基化，特別是胞嘧啶殘基在C-5位的甲基化（5-甲基胞嘧啶，或5-mC），在基因表達(dá)調(diào)控和各種細(xì)胞過程的調(diào)節(jié)中起著關(guān)鍵作用。表觀遺傳異常與人類疾病（包括癌癥）有關(guān)。因此，定量分析DNA甲基化整體水平對(duì)于理解與生理和病理?xiàng)l件相關(guān)的表觀遺傳變化至關(guān)重要。目前，幾種方法已在研究實(shí)驗(yàn)室中被廣泛用于定量分析全球DNA甲基化，每種方法都有其獨(dú)特的原理、優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)。

高效液相色譜/質(zhì)譜（HPLC/MS）

高效液相色譜結(jié)合質(zhì)譜（HPLC/MS）被認(rèn)為是定量分析修飾核苷酸堿基的“金標(biāo)準(zhǔn)”，因其高準(zhǔn)確性、精確性和靈敏度，已被常規(guī)應(yīng)用于DNA甲基化的定量分析。典型的HPLC/MS流程首先涉及核酸酶P1和堿性磷酸酶對(duì)分離DNA的消化。在消化后的DNA純化后，脫氧核糖核苷通過C18柱的反相HPLC分離。隨后，通過串聯(lián)質(zhì)譜獲取脫氧核糖核苷的質(zhì)量色譜圖，并基于純修飾脫氧核糖核苷標(biāo)準(zhǔn)品的標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)目標(biāo)修飾進(jìn)行定量。盡管HPLC/MS具有高度定量和可重復(fù)性，但它需要昂貴的儀器設(shè)備、耗時(shí)的長(zhǎng)流程、專業(yè)的技術(shù)專長(zhǎng)和經(jīng)過培訓(xùn)的人員。

亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化

化學(xué)處理DNA是一種流行的選項(xiàng)，它能夠特異性地針對(duì)甲基化和未甲基化的胞嘧啶殘基，并且可以與下游的測(cè)序相結(jié)合，用于全基因組DNA甲基化的單堿基分辨率分析（全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序）。對(duì)DNA進(jìn)行亞硫酸氫鹽處理，然后進(jìn)行PCR擴(kuò)增、克隆和測(cè)序，可以可靠地獲取DNA胞嘧啶甲基化狀態(tài)的信息。亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化是一種化學(xué)反應(yīng)，其中未甲基化的胞嘧啶被脫氨基為尿嘧啶，而5-mC保持不變。因此，甲基化和未甲基化的DNA胞嘧啶殘基得以區(qū)分。然而，傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)化方法需要較長(zhǎng)的流程時(shí)間，這會(huì)導(dǎo)致嚴(yán)重的DNA降解、不適當(dāng)?shù)?-mC脫氨基以及低胞嘧啶轉(zhuǎn)化率。

酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定（ELISA）

DNA甲基化酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定（ELISA）提供了一種簡(jiǎn)單、便捷且經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的方法，用于快速評(píng)估特定甲基化DNA目標(biāo)的全球水平，然后再考慮采用上述更深入且成本更高的方法。此類基于ELISA的方法使用抗體檢測(cè)和定量DNA樣本中的特定DNA甲基化修飾。這些測(cè)定通常涉及將DNA固定在固體表面（如微孔板）上，然后應(yīng)用抗體進(jìn)行檢測(cè)。與傳統(tǒng)ELISA在測(cè)定流程方面類似（例如，樣本結(jié)合到測(cè)定孔、目標(biāo)物被一抗捕獲、通過酶偶聯(lián)二抗進(jìn)行信號(hào)檢測(cè)），與傳統(tǒng)ELISA相比，DNA甲基化ELISA極為靈敏，檢測(cè)限更低，能夠評(píng)估更廣泛的樣本類型。

無論是5-mC還是5-羥甲基胞嘧啶（5-hmC），DNA甲基化ELISA都是一種高通量、成本效益高的方法，用于分析各種修飾DNA形式。作為表觀遺傳學(xué)研究工具研發(fā)的先鋒，EpigenTek利用其專有技術(shù)開發(fā)了快速、準(zhǔn)確且被廣泛引用的全球DNA甲基化定量免疫測(cè)定。全局DNA甲基化（5-mC）ELISA試劑盒（貨號(hào)#P-1030）和全局DNA羥甲基化（5-hmC）ELISA試劑盒（貨號(hào)#P-1032）專門設(shè)計(jì)為使用完整的輸入DNA作為起始材料，消除了類似測(cè)定所需的額外樣本處理（例如，變性、片段化）的需要。這些試劑盒結(jié)合了ELISA的便捷性和速度，以及高靈敏度、特異性、通用性、準(zhǔn)確性和靈活性，使其成為研究全球DNA甲基化的研究人員的寶貴工具。