今天我們安利二個(gè)實(shí)用的miRNA的在線數(shù)據(jù)庫(kù)以及重點(diǎn)介紹如何通過(guò)篩選到的靶基因或者h(yuǎn)ub基因搜索與之相關(guān)的miRNAs。

1，安利數(shù)據(jù)庫(kù)miRTarBase v8.0

當(dāng)我們需要尋找miRNA時(shí)推薦使用數(shù)據(jù)庫(kù)miRTarBase v8.0非常便捷的網(wǎng)站（圖1）。點(diǎn)擊download，即可跳轉(zhuǎn)到下載頁(yè)面（圖2），可以下載經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的或者文獻(xiàn)提及存在共表達(dá)的miRNA與靶基因互作數(shù)據(jù)，這里的數(shù)據(jù)是按照物種統(tǒng)計(jì)的。

圖1. miRTarBase主頁(yè)

圖2. miRTarBase下載頁(yè)面

點(diǎn)擊圖1的Statistics，還會(huì)跳轉(zhuǎn)到數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)頁(yè)面，不得不說(shuō)，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)納入的還是非常全的，有人、小鼠、大鼠還有其他物種的；使用熒光素酶檢測(cè)的、芯片檢測(cè)的、測(cè)序檢測(cè)的還有CLIP-seq檢測(cè)的，都有（圖3）。

圖3. miRTarBase v8.0數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)頁(yè)面

點(diǎn)擊圖1中的Search，即可跳轉(zhuǎn)到檢索頁(yè)面。另外該數(shù)據(jù)庫(kù)還是可以基于實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行批量檢索（圖4）。

圖4. miRTarBase v8.0數(shù)據(jù)批量檢索

之后，就可以去構(gòu)建miRNAs-hub genes網(wǎng)絡(luò)圖了。

2、安利miRWalk 3.0

另外一個(gè)比較友好的在線數(shù)據(jù)庫(kù)叫miRWalk 3.0，它是一個(gè)很便捷的檢索網(wǎng)站（圖5）。中間有一個(gè)檢索框，可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)的相關(guān)種屬進(jìn)行接下來(lái)的檢索。比如檢索基因名稱XBP1，只需在Gene之后的搜索框輸入XBP1即可，就會(huì)跳轉(zhuǎn)到相關(guān)頁(yè)面（圖6）。同樣地，輸入miRNA名稱也會(huì)跳轉(zhuǎn)到相關(guān)頁(yè)面（圖7）。

圖5. miRWalk 3.0網(wǎng)站頁(yè)面

圖6. miRWalk 3.0網(wǎng)站檢索基因名稱跳轉(zhuǎn)頁(yè)面

圖7. miRWalk 3.0網(wǎng)站檢索miRNA名稱跳轉(zhuǎn)頁(yè)面

在圖5中，下半部分還有一個(gè)Target Mining，后兩個(gè)不用看，造成的假陽(yáng)性太大，只看前兩個(gè)。這個(gè)可以進(jìn)行批量上傳miRNA和基因名稱，從而可以批量獲得二者結(jié)合數(shù)據(jù)。值得注意的是，每個(gè)miRNA和基因名稱必須準(zhǔn)確，而且每行一個(gè)（圖8、圖9）。

圖8. miRNA數(shù)據(jù)挖掘批量上傳頁(yè)面

圖9. 基因名稱數(shù)據(jù)挖掘批量上傳頁(yè)面

這些數(shù)據(jù)都是可以下載，然后Excel打開的。打開之后，就可以去構(gòu)建miRNAs-hub genes網(wǎng)絡(luò)圖了。如何去構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖，可以使用Cytoscape進(jìn)行圖片繪制。

3、使用Cytoscape構(gòu)建miRNA-hub基因網(wǎng)絡(luò)圖

接下來(lái)，我們介紹一下如何使用Cytoscape構(gòu)建miRNA-hub基因網(wǎng)絡(luò)圖。首先得有一個(gè)關(guān)于miRNA與靶基因相關(guān)聯(lián)的表格文件以及該miRNA與靶基因的屬性的表格文件，如下圖所示：

之后就可以使用Cytoscape進(jìn)行miRNA-hub基因網(wǎng)絡(luò)圖繪制了。將上述兩個(gè)表格分別導(dǎo)入Cytos    cape即可。

軟件會(huì)根據(jù)導(dǎo)入的屬性表格文件信息判定哪一個(gè)是miRNA，哪一個(gè)是靶基因，所以只需要在左側(cè)的style中將二者修改為不同的格式，然后導(dǎo)出圖片就可以啦。即如下圖所示，將顏色和形狀根據(jù)attribute進(jìn)行修改，修改完成的圖片導(dǎo)出就行，另外導(dǎo)出時(shí)候像素一定要選擇最大像素，這樣可以防止組圖時(shí)候因圖片像素問(wèn)題還得返工。

看完教程miRNA-hub基因網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建是不是簡(jiǎn)單易上手，還不趕緊實(shí)操起來(lái)吧。需要軟件歡迎留言給我們哦~