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背景
泛素-蛋白酶體途徑(ubiquitin-proteasome pathway,UPP)是細(xì)胞內(nèi)主要的蛋白質(zhì)降解系統(tǒng)之一,對(duì)于維持細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)和調(diào)控多種生物學(xué)過(guò)程至關(guān)重要。通過(guò)對(duì)底物蛋白的多聚泛素化并經(jīng)蛋白酶體降解,可以影響或調(diào)節(jié)多種細(xì)胞活動(dòng),包括:基因轉(zhuǎn)錄、細(xì)胞周期調(diào)節(jié)、免疫反應(yīng)、細(xì)胞受體功能及腫瘤生長(zhǎng)、炎癥過(guò)程等。該途徑也是一種動(dòng)態(tài)的蛋白質(zhì)雙向修飾調(diào)控系統(tǒng),在體內(nèi)由泛素連接酶系統(tǒng)(E1-E2-E3)對(duì)底物進(jìn)行泛素化修飾,去泛素化酶(DUB)家族負(fù)責(zé)通過(guò)水解泛素羧基末端的酯鍵、肽鍵或異肽鍵,將泛素分子特異性的從鏈接有泛素的蛋白質(zhì)或者前體蛋白水解下來(lái),起到去泛素化的作用,對(duì)蛋白降解進(jìn)行反向調(diào)節(jié),從而影響蛋白質(zhì)的功能。

泛素-蛋白酶體途徑中的去泛素化酶(DUBs)主要分為幾個(gè)大的家族,每個(gè)家族成員都有其特定的結(jié)構(gòu)特征和生物學(xué)功能。以下是DUBs的主要家族成員:
泛素特異性蛋白酶(USPs):這是zui大的DUB家族,包含超過(guò)50個(gè)成員。USPs通常具有一個(gè)或多個(gè)USP結(jié)構(gòu)域,這些結(jié)構(gòu)域包含一個(gè)保守的催化三聯(lián)體,負(fù)責(zé)去泛素化活性。
卵巢腫瘤蛋白酶(OTUs):OTU家族成員較少,通過(guò)晶體結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn)這類(lèi)蛋白酶雖然在氨基酸序列上與其他家族的去泛素化酶不同,但也具有三聯(lián)催化活性位點(diǎn)(Cys,His,Asp)組成的核心結(jié)構(gòu)域,與UBP家族蛋白有很大相似性,并且已證明能起到去泛素化的作用。
泛素羧基末端水解酶(UCHs):UCH家族成員相對(duì)較少,它們專(zhuān)門(mén)作用于泛素的C末端,去除泛素鏈末端的單個(gè)泛素。
MJD去泛素化酶家族:Machado-Joseph疾病相關(guān)蛋白Ataxin-3被研究得較為清楚,它是個(gè)與神經(jīng)退化紊亂相關(guān)的蛋白。人類(lèi)的Josephin家族蛋白有4個(gè),它們的結(jié)構(gòu)類(lèi)似于UCH去泛素化酶家族,分別是Ataxin-3、Ataxin-3L、Josephin-1和Josephin2。
JAMM蛋白酶家族:這一類(lèi)去泛素化酶的代表是POH1,酵母細(xì)胞中的同源物稱(chēng)為Rpn 11。這是一類(lèi)能結(jié)合泛素化蛋白上泛素分子的金屬蛋白酶,具有MPN序列,或稱(chēng)JAMM(Jab1/MPN domain associated metalloisopeptidase,Jab 1/MPN域相關(guān)金屬異肽酶)序列。這一序列含有較為保守的兩個(gè)組氟酸殘基和一個(gè)天冬氯酸殘基,它們與二價(jià)鋅離子共同構(gòu)成催化中心。
這些家族成員通過(guò)去泛素化作用,對(duì)蛋白質(zhì)的穩(wěn)定性、信號(hào)傳導(dǎo)、細(xì)胞周期、基因表達(dá)等多種細(xì)胞過(guò)程進(jìn)行精細(xì)調(diào)控。DUBs的活性和調(diào)控機(jī)制的研究對(duì)于理解細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)和疾病發(fā)生具有重要意義。
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貨號(hào) | 名稱(chēng) | 蛋白大小 | 產(chǎn)品說(shuō)明 |
UCH-L3 | 25kDa | 屬于半胱氨酸蛋白酶,可識(shí)別并水解泛素或NEDD8的C末端甘氨酸上的肽鍵。(可裂解Ub-AMC, Ub-Rhodamine 110以及多種泛素修飾的多肽;對(duì)雙泛素底物沒(méi)有活性) | |
DB102 | UCH-L5 | 49kDa | UCH-L5是26S蛋白酶體中19S復(fù)合物中的一個(gè)去泛素化酶/異肽酶,可以在Ub-CHOP報(bào)告系統(tǒng)中發(fā)揮酶活。 |
DB103 | BAP1 | 82kDa | 通過(guò)介導(dǎo)組蛋白H2A和HCFC1的去泛素化在染色質(zhì)中起關(guān)鍵作用, 它充當(dāng)細(xì)胞生長(zhǎng)的調(diào)節(jié)劑。可用于裂解Ub-AMC。 |
DB104 | UCH-L1 | 25kDa | 它對(duì)神經(jīng)元以及彌散神經(jīng)內(nèi)分泌系統(tǒng)的細(xì)胞及其腫瘤具有高度特異性,占大腦總蛋白的> 1%,但其他組織幾乎不存在。可用于裂解Ub-AMC。 |
USP15 | 121kDa | 與COP9信號(hào)復(fù)合體相關(guān),參與調(diào)節(jié)多種信號(hào)通路,例如TGF-β受體信號(hào)傳導(dǎo),NFκB和RNF41 / NRDP1-PRKN信號(hào)通路。可以在Ub-CHOP報(bào)告系統(tǒng)中發(fā)揮酶活。 | |
DB503 | USP8core | 46kDa | 已證明USP8在受體酪氨酸激酶的穩(wěn)定性中起關(guān)鍵作用,USP8core只包含USP8蛋白的核心結(jié)構(gòu)域。可以在Ub-CHOP報(bào)告系統(tǒng)中發(fā)揮酶活。 |
DB510 | USP47 | 157kDa | 使單泛素化的DNA聚合酶β(POLB)去泛素化,穩(wěn)定POLB,從而在堿基切除修復(fù)(BER)中發(fā)揮作用。可以在Ub-CHOP報(bào)告系統(tǒng)中發(fā)揮酶活。 |
DB530 | USP30 | 51 kDa | 去泛素化酶家族中的一員,主要定位在線(xiàn)粒體外膜,是一種半胱氨酸蛋白酶。研究表明USP30參與了細(xì)胞內(nèi)線(xiàn)粒體形態(tài)的調(diào)控。后續(xù)研究發(fā)現(xiàn)USP30可以使PARK2以及PINK1驅(qū)動(dòng)的線(xiàn)粒體自噬被逆轉(zhuǎn)。USP30作為去泛素化酶可以去除泛素標(biāo)簽從而抑制線(xiàn)粒體自噬。USP30對(duì)磷酸化泛素的裂解效率較低。 |
OTUB1 | 32 kDa | 可在體外切割K48和K63連接的泛素鏈。 | |
DB202 | YOD1 | 38 kDa | 可裂解Ub-AMC |
DB206 | OTULIN | 40.6 kDa | 對(duì)線(xiàn)性泛素鏈(M1)具有高特異性,與HOIP(RNF31)結(jié)合,并調(diào)節(jié)其活性,從而影響NFκB調(diào)節(jié)的途徑和促炎反應(yīng)。 |
DB209 | A20 | 100 kDa | 同時(shí)包含泛素連接酶和去泛素酶活性,可在體外裂解K11,K48和K63連接的泛素鏈,在NF-κB信號(hào)傳導(dǎo)和炎癥反應(yīng)中起重要作用。 |
Ataxin-3 | 41kDa | 在體外裂解K48連接的泛素鏈 | |
DB403 | JOSD1 | 22kDa | 可以在Ub-CHOP報(bào)告系統(tǒng)中發(fā)揮酶活。 |
DB404 | JOSD2 | 22kDa | 裂解K63連接的泛素鏈,對(duì)K48連接的泛素鏈裂解效率較低。可以在Ub-CHOP報(bào)告系統(tǒng)中發(fā)揮酶活。 |
AMSH | 49 kDa | 體外裂解K63連接的泛素鏈 | |
DB302 | MSHcore | 20.5 kDa | 體外裂解K63連接的泛素鏈 |
LifeSensors成立于1996年,位于美國(guó)賓夕法尼亞州費(fèi)城,是一家為藥物發(fā)現(xiàn)與研究提供方法和可行性技術(shù)方法的生物技術(shù)公司,目前主要的產(chǎn)品有400多種,其產(chǎn)品主要覆蓋泛素和泛素蛋白酶體通路等科學(xué)應(yīng)用領(lǐng)域,并且公司擁有兩大獨(dú)家技術(shù)平臺(tái):用于細(xì)胞信號(hào)和藥物發(fā)現(xiàn)的泛素蛋白酶體系統(tǒng)(UPS),以及增強(qiáng)目的蛋白在大腸桿菌、酵母、昆蟲(chóng)和哺乳動(dòng)物細(xì)胞中表達(dá)與純化的SUMO融合表達(dá)系統(tǒng),此外,LifeSensors還為泛素的蛋白質(zhì)組學(xué)提供眾多定制技術(shù)服務(wù),并且已經(jīng)開(kāi)發(fā)了各種各樣的測(cè)定細(xì)胞中的生理底物或生物標(biāo)志物的方法。
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