Epigentek DNA甲基化研究全流程指南：從樣本提取到多組學(xué)應(yīng)用

發(fā)布者：艾美捷科技發(fā)布時(shí)間：2025-03-11

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DNA甲基化研究的建議工作流程

流程概覽

1. 流程從提取高質(zhì)量樣本開始。提取類型（DNA或核蛋白提取）將取決于后續(xù)要進(jìn)行的檢測(cè)類型。

2. 在任何DNA甲基化研究的初期，始終建議對(duì)樣本進(jìn)行全局DNA甲基化定量分析。以5-甲基胞嘧啶（5-mC）DNA為例，這是研究最為廣泛的DNA甲基化修飾，基于ELISA的P-1030試劑盒是一個(gè)很好的起點(diǎn)。此外，針對(duì)其他修飾（包括5-羥甲基胞嘧啶[5-hmC]、5-醛基胞嘧啶[5-fC]和N6-甲基腺苷[m6A]）的類似試劑盒也已推出。

3. 下游檢測(cè)包括對(duì)相應(yīng)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶和去甲基化酶的活性/抑制分析。

4. 隨后通過PCR或NGS在位點(diǎn)特異性水平上對(duì)甲基化DNA進(jìn)行更深入的檢測(cè)。DNA亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化（單堿基）和MeDIP/hMeDIP（多堿基）試劑盒也歸入這一部分。MeDIP/hMeDIP和ELISA試劑盒中包含的針對(duì)5-mC和5-hmC修飾的高靈敏度和高特異性抗體也可單獨(dú)購(gòu)買，并已驗(yàn)證可用于其他應(yīng)用，包括DNA結(jié)合（DB）、免疫熒光（IF）和免疫組化（IHC）。

一．樣本制備

DNA提取試劑盒
貨號(hào)	名稱	應(yīng)用
P-1003	FitAmp General Tissue Section DNA Isolation Kit 組織切片DNA分離試劑盒	有效地在載玻片上的任何目標(biāo)顯微組織區(qū)域分離DNA
P-1009	FitAmp Paraffin Tissue Section DNA Isolation Kit 石蠟組織切片DNA分離試劑盒	高效地從甲醛固定石蠟包埋組織切片樣本中分離DNA
P-1017	FitAmp Urine DNA Isolation Kit 尿液DNA分離試劑盒	有效地從尿液中分離DNA
P-1018	FitAmp Blood and Cultured Cell DNA Extraction Kit 血液和培養(yǎng)細(xì)胞DNA提取試劑盒	有效地從血液白細(xì)胞和培養(yǎng)的哺乳動(dòng)物細(xì)胞中分離DNA
P-1022	EpiMag High Throughput DNA Isolation Universal Kit 高通量DNA分離試劑盒	利用磁珠技術(shù)對(duì)各種生物樣品進(jìn)行快速、經(jīng)濟(jì)高效的高通量DNA分離，包括組織、培養(yǎng)細(xì)胞、血液、骨髓、小鼠洗滌、灰褐色皮毛、尿液、腦脊液、口腔刮擦、痰、細(xì)菌、真菌、植物和糞便
P-1004	FitAmp Plasma/Serum DNA Isolation Kit 血漿/血清 DNA分離試劑盒	從血漿或血清樣本中分離出微量的DNA
P-1065	EpiQuik Circulating Cell-Free DNA (ccfDNA) Isolation Easy Kit 循環(huán)無(wú)細(xì)胞DNA （ccfDNA）分離簡(jiǎn)易試劑盒	以簡(jiǎn)單快捷的方式從血漿或血清樣本中分離循環(huán)游離DNA（ccfDNA）
核蛋白提取試劑盒
貨號(hào)	名稱	應(yīng)用
OP-0002	EpiQuik Nuclear Extraction Kit 核蛋白提取試劑盒	從細(xì)胞或組織中分離和提取核蛋白，同時(shí)保持酶的活性不變

二．DNA甲基化整體水平定量分析

甲基化修飾類型	貨號(hào)	名稱	應(yīng)用
5-mC	P-1030	MethylFlash Global DNA Methylation (5-mC) ELISA Easy Kit (Colorimetric) 全局DNA甲基化(5-mC) 定量檢測(cè)試劑盒（比色法）	檢測(cè)5-甲基胞嘧啶（5-mC）的水平來量化全局DNA甲基化
	P-1035	MethylFlash Methylated DNA Quantification Kit (Fluorometric) 全局DNA甲基化(5-mC) 定量檢測(cè)試劑盒（熒光法）	檢測(cè)5-甲基胞嘧啶（5-mC）的水平來量化全局DNA甲基化
	P-1039	MethylFlash Urine 5-Methylcytosine (5-mC) Quantification Kit (Colorimetric) 尿液DNA甲基化(5-mC) 定量檢測(cè)試劑盒（比色法）	用抑制競(jìng)爭(zhēng)免疫分析法比色定量尿液中的5-mC
	P-1040	MethylFlash Urine 5-Methylcytosine (5-mC) Quantification Kit (Fluorometric) 尿液DNA甲基化(5-mC) 定量檢測(cè)試劑盒（熒光法）	用抑制競(jìng)爭(zhēng)免疫分析法比色定量尿液中的5-mC
5-hmC	P-1032	MethylFlash Global DNA Hydroxymethylation (5-hmC) ELISA Easy Kit (Colorimetric) 全局DNA羥甲基化(5-hmC) 定量檢測(cè)試劑盒（比色法）	通過特異性測(cè)量5-羥甲基胞嘧啶（5-hmC）水平，比色法定量檢測(cè)全局DNA羥甲基化狀態(tài)
5-hmC	P-1037	MethylFlash Hydroxymethylated DNA Quantification Kit (Fluorometric) DNA羥甲基化(5-hmC) 定量檢測(cè)試劑盒（熒光法）	通過特異性測(cè)量5-羥甲基胞嘧啶（5-hmC）的水平，熒光定量全球DNA羥甲基化
5-fC	P-1041	MethylFlash 5-Formylcytosine (5-fC) DNA Quantification Kit (Colorimetric) 5-甲酰基胞嘧啶（5-fC）定量檢測(cè)試劑盒（比色法）	比色法定量5-甲酰基胞嘧啶（5-fC）
m6A	P-9010	MethylFlash m6A DNA Methylation ELISA Kit (Colorimetric) m6A DNA定量檢測(cè)試劑盒（比色法）	比色法定量DNA中的N6 -甲基腺苷（m6A或6mA）

三．DNA甲基化相關(guān)蛋白酶分析試劑盒

蛋白酶指標(biāo)	貨號(hào)	名稱	應(yīng)用
DNMT	P-3139	EpiQuik DNMT Activity/Inhibition ELISA Easy Kit (Colorimetric) DNMT 活性/抑制性ELISA檢測(cè)試劑盒	使用核提取物或純化酶測(cè)量DNA甲基轉(zhuǎn)移酶活性或抑制作用
DNMT	P-3010	EpiQuik DNMT Activity/Inhibition Assay Ultra Kit (Fluorometric) DNMT 活性/抑制性檢測(cè)試劑盒（熒光法）	熒光測(cè)量DNA甲基轉(zhuǎn)移酶活性或抑制作用
DNMT1	P-3006A	EpiQuik DNMT1 Activity/Inhibitor Screening Assay Core Kit DNMT1 活性/抑制劑篩選試劑盒	選擇性篩選DNA甲基轉(zhuǎn)移酶1活性/抑制劑
DNMT3B	P-3007A	EpiQuik DNMT3B Activity/Inhibitor Screening Assay Core Kit DNMT3B 活性/抑制劑篩選試劑盒	選擇性篩選DNMT3B活性/抑制劑
DNA demethylase DNA去甲基化酶	P-3008	EpiQuik DNA Demethylase Activity/Inhibition Assay Ultra Kit DNA去甲基化酶活性/抑制性檢測(cè)試劑盒	用于使用來自廣泛物種的核提取物測(cè)量總DNA去甲基化酶活性或抑制情況
TET	P-3086	Epigenase 5mC-Hydroxylase TET Activity/Inhibition Assay Kit (Colorimetric) 5mc-羥化酶TET活性/抑制測(cè)定試劑盒（比色法）	用于測(cè)量酶活性或TET抑制水平
TET	P-3087	Epigenase 5mC-Hydroxylase TET Activity/Inhibition Assay Kit (Fluorometric) 5mc-羥化酶TET活性/抑制測(cè)定試劑盒（熒光法）	測(cè)定總胞嘧啶加氧酶TET酶的活性/抑制
TDG	P-3094	Epigenase Thymine DNA Glycosylase (TDG) Activity/Inhibition Assay Kit (Colorimetric)	胸腺嘧啶DNA糖基酶（TDG）活性/抑制測(cè)定試劑盒（比色法）
m6A demethylase m6A去甲基化酶	P-9013	Epigenase m6A Demethylase Activity/Inhibition Assay Kit (Colorimetric) m6A去甲基酶活性/抑制測(cè)定試劑盒（比色法）	使用核提取物或純化的m6A去甲基化酶（如FTO和ALKBH5）測(cè)量總m6A去甲基化酶的活性/抑制

四．特定位點(diǎn)DNA甲基化分析-單堿基（亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化+PCR/NGS）

重亞硫酸鹽使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變，PCR擴(kuò)增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶，最后,對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序并且與未經(jīng)處理的序列比較,判斷是否CpG位點(diǎn)發(fā)生甲基化。亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化也可以與其他下游應(yīng)用相結(jié)合，包括定量PCR（甲基化特異性PCR），可用于對(duì)亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化后的DNA進(jìn)行qPCR檢測(cè)。

DNA重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化試劑盒
貨號(hào)	名稱	應(yīng)用
P-1001	Methylamp DNA Modification Kit DNA修飾試劑盒	化學(xué)法DNA亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化
P-1016	Methylamp Whole Cell Bisulfite Modification Kit 全細(xì)胞亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化試劑盒	直接從細(xì)胞、組織、唾液、尿液或血液中轉(zhuǎn)化
P-1026	BisulFlash DNA Modification Kit DNA修飾試劑盒	快速（30分鐘）熱法DNA亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化
P-1008	Methylamp 96 DNA Modification Kit 96孔板DNA修飾試劑盒	高通量轉(zhuǎn)化；基于微孔板
P-1010	Methylamp One-Step DNA Modification Kit 一步法DNA修飾試劑盒	快速（1小時(shí)45分鐘）DNA亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化
P-1067	BisulPlus Loci 5mC & 5hmC Detection PCR Kit 位點(diǎn)5mC & 5hmC檢測(cè)PCR試劑盒	使用極少量輸入DNA，通過PCR同時(shí)可靠檢測(cè)5hmC和5mC
重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化測(cè)序試劑盒
貨號(hào)	名稱	應(yīng)用
P-1055	EpiNext Post-Bisulfite DNA Library Preparation Kit (Illumina) 后亞硫酸氫鹽DNA文庫(kù)制備試劑盒（Illumina）	從亞硫酸氫鹽處理的DNA直接進(jìn)行NGS文庫(kù)制備
P-1056A	EpiNext High-Sensitivity Bisulfite-Seq Kit (Illumina) 高靈敏度亞硫酸氫鹽測(cè)序試劑盒（Illumina）	從低輸入DNA進(jìn)行簡(jiǎn)化亞硫酸氫鹽測(cè)序NGS文庫(kù)制備
P-1069	EpiNext RRBS Library Fast Kit 亞硫酸氫鹽測(cè)序（RRBS）DNA文庫(kù)快速制備試劑盒	Illumina平臺(tái)制備代表性亞硫酸氫鹽測(cè)序（RRBS） DNA文庫(kù)
重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化PCR試劑盒
貨號(hào)	名稱	應(yīng)用
P-1028	Methylamp MS-qPCR Fast Kit 定量甲基化特異性PCR	用于亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化DNA和甲基化DNA的定量PCR分析

五．特定位點(diǎn)DNA甲基化分析-多堿基（甲基化DNA免疫沉淀+PCR/NGS）

甲基化DNA免疫沉淀（MeDIP）是一種用于鑒定基因組甲基化區(qū)域的技術(shù)，涉及甲基化DNA片段的特異性捕獲和富集。

甲基化DNA免疫沉淀試劑盒
貨號(hào)	名稱	應(yīng)用
P-1015	Methylamp Methylated DNA Capture (MeDIP) Kit 甲基化DNA富集試劑盒	樣本適用于純化的DNA, 用于甲基化DNA片段的富集和捕獲
P-1052	EpiQuik MeDIP Ultra Kit 甲基化DNA富集試劑盒	可用于低輸入量的DNA樣本，用于甲基化DNA片段的富集和捕獲
P-2019	EpiQuik Methylated DNA Immunoprecipitation Kit甲基化DNA富集試劑盒	細(xì)胞樣本，用于甲基化DNA片段的富集和捕獲
P-2020	EpiQuik Tissue Methylated DNA Immunoprecipitation Kit 組織甲基化DNA富集試劑盒	組織樣本，用于甲基化DNA片段的富集和捕獲
P-1038	EpiQuik Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation (hMeDIP) Kit 羥甲基化DNA富集試劑盒	樣本適用于純化的DNA, 用于羥甲基化DNA片段的富集和捕獲
qPCR試劑盒
貨號(hào)	名稱	應(yīng)用
P-1029	EpiQuik Quantitative PCR Fast Kit 定量PCR試劑盒	用于MeDIP/hMeDIP DNA的定量PCR分析