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快速多片段DNA無縫克隆預混液工作流程&使用原理

發(fā)布者:艾美捷科技    發(fā)布時間:2023-09-18     
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基于重組原理的無縫克隆技術是一種新一代的克隆方法,不需要繁瑣的酶消化、連接步驟或末端拋光。它允許通過將DNA片段與線性化載體末端的15~25nt同源序列重組,將插入片段克隆到線性化載體的任何位置。該載體的自連接背景極低,是一種簡單、快速、高效的DNA定向克隆技術。FlyCut? DNA組裝Mix-Plus無縫克隆試劑盒能夠在單個反應中重組單個或多個DNA片段。它可以在5分鐘內(nèi)實現(xiàn)單片段重組,陽性率超過95%。添加到混合物中的輔助因子有效地提高了克隆陽性率,優(yōu)化的反應系統(tǒng)可以在一定程度上耐受未純化的PCR產(chǎn)物中的雜質。無血清克隆試劑盒的升級版具有更高的陽性率和更好的兼容性。

 

艾美捷快速多片段DNA無縫克隆預混液

Cat #: C-BSM1202

Size: 50 rxns

Storage: -20°C

 

快速多片段DNA無縫克隆預混液:

組件   規(guī)格

FlyCut“DNA組裝混合物+250μl

pUC19對照質粒,線性化(安培,40納克/μl)50μl

500 bp對照片段(20納克/μl)50μl

 

快速多片段DNA無縫克隆預混液使用說明:

1.工作流程概述

快速多片段DNA無縫克隆預混液

2.線性化克隆載體的制備

選擇合適的克隆位點并將載體線性化。載體的線性化可以通過酶切或反向PCR擴增來實現(xiàn)。

① 酶消化制劑

一些限制性內(nèi)切酶不能有效地消化超螺旋DNA,這可能導致不同數(shù)量的載體DNA未消化,導致陽性率降低。建議使用FlyCutTM快速限制酶進行消化(單次或雙次消化),以確保載體的完全線性化并減少轉化背景(從未消化的載體中獲得假陽性克隆)。

注1:通過酶消化制備的線性化載體不需要去磷酸化。建議進行雙重消化。

注2:消化后,建議滅活限制性內(nèi)切酶或純化所需產(chǎn)物,用于組合反應。

② 反向PCR擴增制備

為了盡量減少擴增突變的引入,建議使用高保真度PCR混合物進行擴增。建議使用預線性化的質粒作為模板,以減少殘留的環(huán)狀質粒模板對克隆陽性率的影響。

注1:如果PCR產(chǎn)物沒有顯示出特定的條帶,建議使用模板消除劑消化質粒模板,用于重組反應。否則,建議對PCR產(chǎn)物進行純化。

注2:對于多片段克隆,建議在使用前對PCR產(chǎn)物進行純化。

3.插入片段的PCR引物的設計

PCR引物的5'端必須包含與相鄰片段(插入片段或載體)端同源的15~25nt(推薦18nt)序列。如果矢量有粘性末端,并且3'末端突出,則底漆設計必須包括突出部分。如果5’端突出,底漆設計可以包括或排除突出部分。插入片段的正向擴增引物:

5'-上游載體同源序列+限制性位點(可選)+基因特異性正向擴增

序列-3'

插入片段的反向擴增引物:

3'-基因特異性反向擴增序列+限制性位點(可選)+下游同源載體

序列-5'

注1:建議選擇沒有重復序列、GC含量一致的區(qū)域進行克隆。當載體克隆位點上游和下游的25nt區(qū)域中的GC含量在40%和60%之間時,實現(xiàn)了較高的重組效率。

4.插入片段的PCR擴增

建議使用高保真度PCR混合物,以盡量減少擴增突變的引入。建議使用純化的PCR產(chǎn)物進行無縫克隆反應。如果通過瓊脂糖凝膠電泳將PCR產(chǎn)物鑒定為特異性擴增產(chǎn)物,則可以直接使用,但添加的體積不應超過總反應體積的20%。

5.重組反應

6.重組產(chǎn)品的轉化

取5-10μl反應混合物,加入100μl感受態(tài)細胞中。輕輕移液管并緩慢混合,然后放在冰上30分鐘。在42°C下加熱休克45-60秒,然后在冰上孵育5分鐘。加入500μl SOC或LB培養(yǎng)基,在37℃下振蕩40-60分鐘(200 rpm)。將細菌溶液均勻地涂抹在含有相應抗生素的瓊脂板上,并在37°C下孵育過夜。

7.陽性克隆檢測:

取單個菌落與10μl ddH20混合。在95°C下孵育10分鐘進行裂解后,取1μl裂解液作為平板進行菌落PCR鑒定。或者,將單個菌落接種在含有抗生素的培養(yǎng)基中并培養(yǎng)過夜,然后提取質粒進行酶消化鑒定。對于陽性克隆檢測中的陽性對照,使用通用引物M13F和M13R進行克隆PCR,使用Hindll和EcoRI進行酶消化鑒定。

注1:建議在菌落PCR中至少使用一種通用引物,以避免假陽性結果。

注2:如有必要,可對陽性結果進行進一步測序鑒定。


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