成功開發(fā)疫苗和其他免疫療法需要高效的免疫監(jiān)測技術。通常，抗原特異性T細胞檢測通過檢測分泌的細胞因子（ELISA和ELISPOT）或胞內(nèi)細胞因子（流式細胞術）來進行。在這些檢測中，常用一些被廣泛識別的病毒肽池作為陽性對照，因為它們能在大多數(shù)個體中誘導免疫反應。然而，相當一部分個體對這些肽池反應較弱或完全沒有反應，可能是因為他們未曾接觸過這些病毒，或者缺乏呈遞某些肽段所需的HLA類型。在某些情況下，即使個體曾暴露于病毒且具備相應的HLA類型，也可能對這些肽段無反應，這可能與其特定的T細胞受體庫和表位優(yōu)勢層級有關。為解決這一問題，JPT開發(fā)了一種改進的陽性對照肽池，其覆蓋的病原體種類更廣，對不同種族人群的覆蓋范圍也優(yōu)于目前市面上任何其他肽池。

T細胞刺激依賴性檢測需要陽性對照，以確認被測細胞在原則上能夠對外來刺激作出反應。常用的陽性對照之一是包含23個MHC I類病毒肽的“CEF肽池”。該肽池由巨細胞病毒（CMV，HHV-5）、EB病毒（EBV，HHV-4）和甲型流感病毒（Flu）中的已知表位組成。這些病毒在成人中的感染率均超過50-80%，具體取決于病毒和研究人群。因此，大多數(shù)人很可能擁有針對至少一種病毒的特異性T細胞。CEF肽池的改良版本包括原始23個肽加上9個來自相同病毒的額外肽，稱為“擴展CEF肽池”（32個肽），或原始23個肽加上4個來自破傷風梭菌的刺激肽，稱為“CEFT肽池”（27個肽）。這些擴展版本已被廣泛接受，并比原始CEF肽池更常用。然而，人類MHC（即人類白細胞抗原，簡稱HLA）的高度多樣性增加了復雜性。原始CEF肽池是為覆蓋歐洲白人群體中最常見的HLA等位基因而設計的，但在其他種族中，不同的HLA等位基因/等位基因組占主導地位。因此，現(xiàn)有的陽性對照肽池在其他種族中的效果往往不如在歐洲白人中理想。本文介紹了一種新型、增強型陽性對照肽池的設計，其在病原體覆蓋和HLA等位基因覆蓋方面均有顯著提升。

由于已知刺激肽及其呈遞HLA等位基因的豐富信息，JPT擴展了現(xiàn)有陽性對照肽池，增加了目標病原體數(shù)量和HLA類型，以提高T細胞陽性反應的概率。JPT公司現(xiàn)有陽性對照肽池（CEF、擴展CEF、CEFT和CEFT MHC-II）中使用的50個肽構成了擴展的核心肽池。首先，JPT檢索了文獻和公共表位數(shù)據(jù)庫，尋找覆蓋多種相關病原體和HLA類型的表位，從中篩選出數(shù)百個有潛力的刺激肽。隨后，JPT根據(jù)覆蓋多種族人群的目標進行肽段篩選。JPT使用美國國家骨髓捐獻者計劃發(fā)布的570萬人HLA等位基因頻率數(shù)據(jù)，涵蓋16個種族群體，計算每個肽段在不同種族中的理論人群覆蓋率（即具備相應HLA等位基因或等位基因組的個體比例）。

首先計算了現(xiàn)有核心肽池的人群覆蓋率，然后計算每增加一個候選肽所帶來的覆蓋率提升，若該肽在所有種族中帶來的覆蓋率提升超過5%，則將其納入最終肽池。化學穩(wěn)定性預測不佳的肽段被排除。最終肽池包含176個肽，來自17種病原體。除了作為檢測的陽性對照外，該肽池還可用于比較不同個體（或群體）之間的免疫反應，以更全面地評估T細胞免疫。為此，JPT設計了兩個新肽池，一個包含人皰疹病毒5型（CMV）肽段，另一個不包含。這兩個肽池分別稱為CEFX Ultra SuperStim肽池（含CMV肽）和EFX Ultra SuperStim肽池（不含CMV肽）。由于CMV常引發(fā)強烈的T細胞反應，若使用CEFX肽池，可能會影響CMV感染者和未感染者之間的公平比較。如下圖展示了CEFX/EFX肽池與目前最常用的CEFT肽池在人群MHC覆蓋率方面的提升。

圖1：CEFT肽池與CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池的人群覆蓋率比較 :

每個圖代表一個HLA基因座。覆蓋率是根據(jù)美國國家骨髓捐獻者計劃（National Bone Marrow Donor Program）中捐獻者的HLA等位基因頻率計算得出的。  

黑色：CEFT肽池（27個肽段）  

灰色：不含CMV的EFX Ultra SuperStim肽池（147個肽段）  

淺灰色：CEFX Ultra SuperStim肽池（176個肽段）

將外周血單個核細胞（PBMC）用于IFN-γ ELISPOT檢測，并分別用標準陽性對照肽池CEFT以及新型肽池CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池進行刺激。與CEFT相比，使用CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池時觀察到顯著更多的斑點形成，如下圖所示，反應強度提高了約50%。

JPT基于多種高感染率病原體的已知表位庫，創(chuàng)建了兩個新的陽性對照肽池：CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池。肽段的選擇依據(jù)包括已觀察到的或預測到的HLA等位基因關聯(lián)，以及多個種族人群中報告的HLA等位基因頻率。新陽性對照肽池在理論上的病原體覆蓋范圍和人群HLA覆蓋范圍均優(yōu)于目前最常用的傳統(tǒng)陽性對照肽池（例如CEFT肽池）。因此，與常規(guī)肽池相比，JPT的新型CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池在特定個體中引發(fā)陽性反應的概率更高，在大多數(shù)情況下應優(yōu)先選用。

無論是經(jīng)典的CEF肽池，拓展CEF肽池，CEFT肽池，CEFT MHC-II肽池，還是新型的CEFX和EFX Ultra SuperStim肽池，JPT都可以滿足您的需求：