什么是染色質(zhì)免疫沉淀 （ChIP）？

研究染色質(zhì)相關(guān)修飾廣泛使用的方法之一是染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP），這是目標(biāo)蛋白質(zhì)與特定基因組DNA區(qū)域結(jié)合的過程。這種流行的 ChIP 檢測(cè)方法為表觀遺傳學(xué)研究人員提供了有關(guān)某些蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)修飾與特定 DNA 序列之間相互作用的寶貴信息。

蛋白質(zhì)-DNA相互作用對(duì)某些細(xì)胞功能至關(guān)重要，例如DNA復(fù)制和重組，基因轉(zhuǎn)錄，染色體分離，信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和表觀遺傳沉默。例如，了解蛋白質(zhì)-DNA相互作用可用于比較兩個(gè)不同組（例如患病或健康的組織）中與特定基因啟動(dòng)子區(qū)域相關(guān)的組蛋白甲基化量。染色質(zhì)免疫沉淀方法也可用于繪制各種其他組蛋白修飾的基因組位置。

ChIP 是否適合您的實(shí)驗(yàn)？

由于染色質(zhì)免疫沉淀和各種下游應(yīng)用可能需要時(shí)間并帶來相關(guān)費(fèi)用，因此值得了解 ChIP 是否適合您的研究。

首先，建議查看與您提議的實(shí)驗(yàn)相關(guān)的現(xiàn)有文獻(xiàn)。有時(shí)，其他研究人員已經(jīng)完成了跑腿工作，為您的研究奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)，而無需重新發(fā)明輪子。從這里開始，您的團(tuán)隊(duì)可以采取變化和獨(dú)特的角度，使研究變得有趣、獨(dú)特和有價(jià)值，同時(shí)回顧以前完成的工作，以發(fā)現(xiàn)以前的研究人員面臨的任何潛在障礙或問題。讓別人的經(jīng)驗(yàn)對(duì)你有利，提前從你自己的學(xué)習(xí)中節(jié)省時(shí)間和頭痛。

最后，研究人員可能已經(jīng)對(duì)您的靶標(biāo)進(jìn)行了 ChIP，因此可以節(jié)省大量寶貴的時(shí)間和精力。可以找到此類信息的一些常見資源包括USCS基因組瀏覽器，ENCODE項(xiàng)目和NCBI。在進(jìn)行研究之前，請(qǐng)務(wù)必查看這些資源以獲取信息，以查看工作是否已經(jīng)完成。如果還沒有，并且您的目標(biāo)尚未闡明，則進(jìn)行 ChIP 實(shí)驗(yàn)可能是您研究的正確解決方案。

艾美捷代理Epigentek 染色質(zhì)研究步驟詳細(xì)信息：

染色質(zhì)分離

染色質(zhì)是DNA和蛋白質(zhì)的組合，將DNA包裝成更小的體積以適應(yīng)細(xì)胞，有助于防止DNA損傷，并控制基因表達(dá)和DNA復(fù)制。染色質(zhì)樣品的適當(dāng)分離是研究蛋白質(zhì)-DNA相互作用的重要因素。EpiGentek專有的染色質(zhì)分離試劑盒使用多種方法確保完整染色質(zhì)的質(zhì)量分離，以幫助從哺乳動(dòng)物或植物細(xì)胞和組織中提取染色質(zhì)。

目錄#      名字      描述

P-2001   閃光染色質(zhì)提取試劑盒   用于從哺乳動(dòng)物細(xì)胞或組織中分離完整的染色質(zhì)

P-2022   閃色植物染色質(zhì)提取試劑盒   用于從植物細(xì)胞或組織中分離完整的染色質(zhì)

P-2023   ChromaFlash 染色質(zhì)分離和剪切套件   用于以簡單快速的形式從哺乳動(dòng)物細(xì)胞或組織中分離染色質(zhì)或 DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物，然后通過超聲處理進(jìn)行剪切步驟

染色質(zhì)可及性

染色質(zhì)結(jié)構(gòu)是基因調(diào)控的重要決定因素，所涉及的主要因素之一是染色質(zhì)對(duì)轉(zhuǎn)錄因子和其他DNA結(jié)合蛋白的可及性。一般來說，染色質(zhì)越濃縮，轉(zhuǎn)錄因子和其他DNA結(jié)合蛋白就越難進(jìn)入DNA并執(zhí)行其任務(wù)。DNA越容易獲得，周圍基因被積極轉(zhuǎn)錄的可能性就越大。研究染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的可及性對(duì)于提供核小體存在與否的信息特別感興趣，核小體直接或間接影響一系列其他細(xì)胞和代謝過程。

目錄#      名字      描述

P-1047   EpiQuik 染色質(zhì)可及性檢測(cè)試劑盒   用于染色質(zhì)定量分析和真染色質(zhì)或異染色質(zhì)狀態(tài)的測(cè)定

染色質(zhì)碎裂

染色質(zhì)樣品的超聲能量處理是酶消化方法的一種被廣泛接受的替代方案。通過強(qiáng)調(diào)超聲技術(shù)中的更高通量處理和防止樣品污染，我們的EpiSonic?超聲儀可以輕松集成到現(xiàn)有的實(shí)驗(yàn)室工作流程中，并且特別適合與表觀遺傳學(xué)和下一代應(yīng)用的兼容性。

目錄#      名字      描述

EQC-2000   EpiSonic 2000 超聲系統(tǒng)   用于下一代測(cè)序應(yīng)用中 DNA 和染色質(zhì)的多樣品剪切

染色質(zhì)免疫沉淀 （ChIP）

由于蛋白質(zhì)-DNA相互作用在細(xì)胞功能中起著至關(guān)重要的作用，因此識(shí)別DNA結(jié)合蛋白的遺傳靶標(biāo)并了解蛋白質(zhì)-DNA相互作用的機(jī)制對(duì)于理解細(xì)胞過程至關(guān)重要。研究人員研究這些相互作用的工具之一是染色質(zhì)免疫沉淀或ChIP。與其他方法相比，ChIP 的優(yōu)勢(shì)在于該過程允許檢測(cè)與活細(xì)胞中基因特定序列的特定蛋白質(zhì)結(jié)合。EpiGentek 提供一系列檢測(cè)試劑盒解決方案，幫助您的實(shí)驗(yàn)室高效、準(zhǔn)確、重復(fù)地成功進(jìn)行基于 ChIP 的實(shí)驗(yàn)。

目錄#      名字      描述

P-2002   EpiQuik 染色質(zhì)免疫沉淀 （ChIP） 試劑盒   用于通過微孔板形式從細(xì)胞輸入樣品中特異性免疫沉淀染色質(zhì)

P-2027   色閃光高靈敏度 ChIP 套件   用于從少量哺乳動(dòng)物細(xì)胞或組織中免疫沉淀染色質(zhì) （ChIP）

P-2014   EpiQuik Plant ChIP 套件   用于從植物輸入樣品中特異性免疫沉淀染色質(zhì)

PCR/測(cè)序 （ChIP-Seq） NGS 分析

NGS（下一代測(cè)序）技術(shù)更進(jìn)一步，增加了數(shù)據(jù)輸出量并降低了 ChIP 測(cè)序的成本。ChIP-Seq 提供了已經(jīng)討論過的染色質(zhì)免疫沉淀過程與下一代測(cè)序方法的組合，為鑒定轉(zhuǎn)錄因子和其他蛋白質(zhì)的全基因組 DNA 結(jié)合位點(diǎn)提供了一種有效的方法。ChIP-Seq 提供了在全基因組水平上解析靶蛋白結(jié)合位點(diǎn)的特定基因序列的優(yōu)勢(shì)。實(shí)時(shí)定量PCR（RT-qPCR）提供了一種替代方法，通過使用特異性引物的選擇性擴(kuò)增，在精確的位點(diǎn)分析修飾組蛋白和/或其他DNA結(jié)合蛋白的結(jié)合位點(diǎn)。EpiGentek為PCR和NGS提供各種廉價(jià)的解決方案，包括完整的包裝試劑盒，可以方便地從少量或困難的樣品中構(gòu)建高質(zhì)量的DNA文庫。

目錄#      名字      描述

P-2030   EpiNext ChIP-Seq 高靈敏度套件 （Illumina）   用于從低起始量細(xì)胞進(jìn)行簡化的 ChIP 測(cè)序 NGS 文庫制備

P-1029   EpiQuik 定量 PCR 快速試劑盒   用于 ChIP 的定量實(shí)時(shí)聚合酶鏈反應(yīng) （PCR） 分析

剪切和運(yùn)行 / 切割和標(biāo)簽

近年來，已經(jīng)取得了一些進(jìn)展，這些發(fā)展正在徹底改變研究人員通過稱為CUT&RUN的過程進(jìn)行DNA-蛋白質(zhì)相互作用分析的方式。代表靶標(biāo)下的切割和使用Nuclease，開發(fā)用于從有限的生物材料中釋放捕獲的目標(biāo)蛋白/ DNA復(fù)合物，以繪制蛋白質(zhì) - DNA相互作用，并顯著提高定位分辨率。這個(gè)過程允許使用更少的輸入材料，同時(shí)限制背景信號(hào)。作為擴(kuò)展，cTIP（CUT & Tag In Place）增加了為下一代測(cè)序準(zhǔn)備文庫的步驟，并為ChIP-Seq提供了類似的解決方案，具有前面提到的所有好處。隨著研究格局的變化，CUT&RUN和cTIP有望成為越來越流行的DNA-蛋白質(zhì)相互作用研究方法，因?yàn)樗鼈兙哂袕V泛的益處。

目錄#      名字      描述

P-2028   EpiNext CUT & RUN 快速套件   為了用來自低起始細(xì)胞/染色質(zhì)的蛋白質(zhì)富集特定的 DNA 復(fù)合物，通過 NGS 鑒定或繪制體內(nèi)蛋白質(zhì)-DNA 相互作用

P-2032   EpiNext cTIP （CUT&Tag In-Place）-測(cè)序試劑盒   用于從低起始細(xì)胞/染色質(zhì)富集蛋白質(zhì)特異性 DNA 復(fù)合物，并使用 Illumina 平臺(tái)制備 NGS 文庫

艾美捷科技是Epigentek的中國代理商，為科研工作者提供優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品與服務(wù)。