單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP）主要指基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性，是人類可遺傳的變異中最常見的一種。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500~1000個(gè)堿基對(duì)中就有1個(gè)，估計(jì)其總數(shù)可達(dá)300萬個(gè)甚至更多。SNP在CG序列上出現(xiàn)最為頻繁，而且多是C→T。

遺傳疾病診斷、致病候選基因研究、藥物篩選研究、分子標(biāo)記輔助育種、群體遺傳研究等領(lǐng)域都會(huì)涉及到SNP分型分析。

SNP基因分型的常見方法有：

Taqman 探針法、SNaPshot法、飛行時(shí)間質(zhì)譜（MALDI-TOF MS）分型、HRM（高分辨率熔解曲線）分型等技術(shù)平臺(tái)。其中，基于時(shí)間飛行質(zhì)譜（MALDI-TOF）完成的SNP檢測(cè)準(zhǔn)確率可達(dá)99.9%，除了準(zhǔn)確性高、靈活性強(qiáng)、通量大、檢測(cè)周期短等優(yōu)勢(shì)外，最有吸引力的應(yīng)該還是它的性價(jià)比。飛行時(shí)間質(zhì)譜平臺(tái)（MALDI-TOF）是國際通用的基因單核苷酸多態(tài)性（SNP）的研究平臺(tái)，該方法憑借其科學(xué)性和準(zhǔn)確性已經(jīng)成為該領(lǐng)域的新標(biāo)準(zhǔn)。

為此，我們推薦使用Biogradetech的TERMIPol  DNA聚合酶，適合用于MALDI-TOF質(zhì)譜法和其他引物延伸平臺(tái)：

* 如上TERMIPol DNA聚合酶產(chǎn)品均已通過了Bruker與 Agena BioScience平臺(tái)的驗(yàn)證     

 以Agena 平臺(tái)為例：《MassARRA系統(tǒng)》

原理：首先通過PCR擴(kuò)增出含有SNP位點(diǎn)的一段DNA（SNP位點(diǎn)前后各50bp左右），然后用SAP酶去除掉PCR 體系中剩余的脫氧核糖核苷三磷酸（dNTP）和引物，然后加入一單堿基延伸引物，其3’末端堿基緊挨SNP位點(diǎn)，采用四種ddNTP替代dNTP。這樣，探針在SNP位點(diǎn)處僅延伸一個(gè)堿基，連接上的ddNTP與SNP位點(diǎn)的等位基因?qū)?yīng)。用基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDI-TOF MS) 檢測(cè)延伸產(chǎn)物與未延伸引物間的分子量差異，確定該點(diǎn)處堿基。

實(shí)驗(yàn)流程如下：

1、 PCR擴(kuò)增含有目的SNP 的DNA序列，并通過純化去除未結(jié)合的dNTPs  

2、 iPLEX單堿基延伸：純化后的PCR產(chǎn)物，針對(duì)每個(gè)靶點(diǎn)SNP設(shè)計(jì)一條延伸引物，在以ddNTPs為底物的體系中進(jìn)行單堿基延伸，每個(gè)SNP的等位基因延伸產(chǎn)物僅為末端一個(gè)堿基的差異。

3、 純化，并將產(chǎn)物轉(zhuǎn)移到SpectroCHIP芯片上，進(jìn)行質(zhì)譜檢測(cè)，同一個(gè)SNP的等位基因由于分子量不同，形成不同的檢測(cè)峰而被區(qū)分。     

已發(fā)表文章：     

【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.” International journal of cancer 144 3 (2019): 569-581 .  

【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.” Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .  

【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.” Journal of microbiological methods 75 3 (2008): 385-91 .  

【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.” Nature Protocols 1 (2006): 1761-1771.  

Biogradetech成立于2015年，總部位于美國加利福尼亞州，早期以產(chǎn)品技術(shù)研發(fā)服務(wù)起家，逐步發(fā)展了廣泛的產(chǎn)品線，并將其商業(yè)化銷售，包括蛋白質(zhì)、抗體、酶、培養(yǎng)基、試劑盒和儀器。適用于細(xì)胞生物學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、分子生物學(xué)、免疫學(xué)、微生物學(xué)、診斷學(xué)、生物化學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、血液分析和高通量藥物篩選等領(lǐng)域。