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您的COVID-19工作流程是否可能不如您設(shè)想的那樣準(zhǔn)確?在COVID-19疫情開(kāi)始時(shí),研究人員和實(shí)驗(yàn)室爭(zhēng)先恐后地開(kāi)發(fā)了SARS-CoV-2測(cè)試試劑盒。通過(guò)大量的反復(fù)試驗(yàn),確定了標(biāo)準(zhǔn)測(cè)試方法,并在世界范圍內(nèi)被廣泛接受。但是,如果有一種比現(xiàn)行標(biāo)準(zhǔn)方法更準(zhǔn)確的檢測(cè)方法呢?
世界需要大規(guī)模檢測(cè)的解決方案,以有效排除假陰性,確保每個(gè)人的安全。如果繼續(xù)往下看,您會(huì)了解到可能有更準(zhǔn)確的COVID-19檢測(cè)方法可用。
COVID-19假陰性:
假陰性是研究人員和臨床醫(yī)生在使用當(dāng)前標(biāo)準(zhǔn)的SARS-CoV-2病毒RNA提取方法時(shí)面臨的最大挑戰(zhàn)之一。

通過(guò)鼻咽拭子或其它樣本采集方法采集到樣本后,將其存儲(chǔ)在病毒運(yùn)輸介質(zhì)(VTM)或通用運(yùn)輸介質(zhì)(UTM)中。這就是挑戰(zhàn)的開(kāi)始。培養(yǎng)基常常不能有效地保存病毒RNA,因?yàn)樗荒茉谑覝叵路€(wěn)定臨床樣本中的病毒RNA長(zhǎng)達(dá)3天。這導(dǎo)致病毒RNA的快速降解/碎片化。此外,對(duì)于安全處理,VTM/UTM不能使樣品無(wú)傳染性。

病毒RNA碎片化為何那么重要?目前的RNA提取標(biāo)準(zhǔn)(基于二氧化硅磁珠的技術(shù))不能有效地捕獲高度片段化的RNA。這是由于基于二氧化硅的技術(shù)傾向于結(jié)合更大的RNA序列。如果未完全捕獲片段化的病毒RNA,則在基于qRT-PCR的檢測(cè)中產(chǎn)生假陰性COVID-19結(jié)果的可能性將大大提高。
COVID-19 RNA提取方法的比較研究:

這與COVID-19標(biāo)準(zhǔn)化工作流程中的病毒RNA提取方法不一致,因此Norgen團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了一項(xiàng)研究,將Norgen的提取方法與基于二氧化硅磁珠的技術(shù)進(jìn)行了比較。目的是確定在捕獲SARS-CoV-2片段化病毒RNA的敏感性方面,不同的RNA提取方法是否存在差異。從Boca Biolistics(FL, USA)采購(gòu)了44份臨床鼻咽拭子樣本。使用FDA / EUA批準(zhǔn)的PerkinElmer?SARS-CoV-2實(shí)時(shí)RT-PCR檢測(cè)方法,對(duì)樣本進(jìn)行預(yù)篩選,確認(rèn)44份樣本為SARS-CoV-2陽(yáng)性。
二氧化硅OR碳化硅?
研究了兩種RNA提取方法在檢測(cè)上述44種臨床樣品中檢測(cè)SARS-CoV-2病毒RNA的準(zhǔn)確性方面的效率。
第一種方法是提取病毒RNA最常用的方法,傳統(tǒng)的基于二氧化硅磁珠的技術(shù)(Zymo Research的Quick-DNA / RNA Viral MagBead)提取病毒RNA。第二種方法是基于碳化硅的提取方法(Norgen唾液/拭子RNA純化試劑盒)。

什么是最佳的RNA純化技術(shù)?
到這里事情逐漸變得有趣起來(lái)。使用這兩種方法提取RNA,并使用Norgen的2019-nCoV TaqMan RT-PCR Kit(Cat. TM67100)進(jìn)行qRT-PCR檢測(cè),針對(duì)CDC推薦的3個(gè)基因(N1、N2和RP)。
當(dāng)比較兩種方法的qRT-PCR數(shù)據(jù)時(shí),我們發(fā)現(xiàn)基于二氧化硅磁珠的提取方法對(duì)SARS-CoV-2真陽(yáng)性樣本的假陰性率為25%。在另一方面中,和基于二氧化硅磁珠的方法相比,基于碳化硅的提取方法產(chǎn)生了對(duì)SARS-CoV-2樣本的100%的真陽(yáng)性率和更一致的Ct值。這些結(jié)果清楚地表明假陰性結(jié)果可以通過(guò)使用基于Norgen碳化硅(SiC)的技術(shù)而不是傳統(tǒng)的基于二氧化硅的技術(shù)來(lái)進(jìn)行避免。

如何改進(jìn)您的COVID-19檢測(cè)中RNA提取流程?
碳化硅是一種新型的RNA提取技術(shù),具有出色的RNA結(jié)合親和力——特別是對(duì)小的、高度降解的RNA片段,如病毒RNA。碳化硅對(duì)所有RNA序列具有一致的結(jié)合親和力,對(duì)GC的含量或大小沒(méi)有偏見(jiàn)。此外,碳化硅不需要任何載體RNA或諸如苯酚/氯仿之類的有害化學(xué)物質(zhì)。
為什么以前沒(méi)有聽(tīng)說(shuō)過(guò)基于碳化硅的RNA提取?
碳化硅是Norgen Biotek的RNA提取專利技術(shù)。Norgen公司成立于1998年,總部位于加拿大安大略省,一直利用基于碳化硅技術(shù)為客戶從具有挑戰(zhàn)性的樣本中大幅度提高RNA的產(chǎn)量和質(zhì)量。目前,Norgen的碳化硅(SiC)技術(shù)已用于FDA批準(zhǔn)的COVID-19工作流程中,以進(jìn)行24小時(shí)公共測(cè)試。
這對(duì)您來(lái)說(shuō)意味著什么?
檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室必須使用最準(zhǔn)確的技術(shù),以確保可靠報(bào)告SARS-CoV-2病毒感染情況。基于標(biāo)準(zhǔn)二氧化硅磁珠的提取方法可能不是檢測(cè)SARS-CoV-2最準(zhǔn)確的方法,正如在研究中看到的,假陰性率為25%。
現(xiàn)在是對(duì)整個(gè)篩查工作流程的質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估的時(shí)候了——從采集生物樣本,到病毒RNA提取,再到SARS-CoV-2檢測(cè)——以最終保護(hù)全球人口的健康和安全。
在聽(tīng)完小編的介紹后,您是不是很想知道Norgen Biotek為廣大的科研工作者提供了哪些RNA提取相關(guān)產(chǎn)品呢?艾美捷科技作為專業(yè)的生命科學(xué)領(lǐng)域解決方案供應(yīng)商,為您推薦中國(guó)區(qū)獨(dú)家總代理Norgen Biotek品牌的部分RNA提取相關(guān)產(chǎn)品。

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