1 蛋白質(zhì)序列的檢索

1.1 從 NCBI 檢索蛋白質(zhì)序列

http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Protein

1.2 利用 SRS 系統(tǒng)從 EMBL 檢索蛋白質(zhì)序列

http://srs.ebi.ac.uk/

2 蛋白質(zhì)序列的基本性質(zhì)分析

2.1 蛋白質(zhì)序列的信號(hào)肽分析

http://genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP-2.0/

http://genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

2.2 蛋白質(zhì)序列的跨膜區(qū)分析

http://genome.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-1.0/

http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html

2.3 蛋白質(zhì)序列的亞細(xì)胞定位分析

http://predict.sanger.ac.uk/nnpsl/nnpsl_mult.cgi

3 蛋白質(zhì)序列的同源性分析

3.1 基于 NCBI/Blast 軟件的蛋白質(zhì)序列同源性分析

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi

3.2 基于 WU/Blast2 軟件的蛋白質(zhì)序列同源性分析

http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2/

3.3 基于 FASTA 軟件進(jìn)行蛋白質(zhì)序列同源性分析

http://www2.ebi.ac.uk/fasta3

3.4 兩條蛋白質(zhì)序列之間的同源性分析

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html

3.5 蛋白質(zhì)序列的批量聯(lián)網(wǎng)同源性分析

4 蛋白質(zhì)序列的結(jié)構(gòu)功能域分析

4.1 蛋白序列的 motif 和 Prosite 分析

http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html

4.2 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)功能域分析

http://smart.embl-heidelberg.de/

http://www.ebi.ac.uk/interpro/interproscan/ipsearch.html

5 蛋白質(zhì)家族分析及其進(jìn)化樹的構(gòu)建(方案)

WEB RESOURCES FOR PROTEIN SCIENTISTS

http://www.faseb.org/protein/docs/WWWResources.html

蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)(Protein databank, PD)由美國(guó)自然科學(xué)基金會(huì)、能源部和國(guó)立衛(wèi)生研究院共同投資建立，主要由 X-射線晶體衍射和核磁共振(NMR)測(cè)得的生物大分子三維結(jié)構(gòu)所組成，用戶可直接查詢、調(diào)用和觀察庫(kù)中所收錄的任何大分子三維結(jié)構(gòu)。該數(shù)據(jù)庫(kù)同時(shí)提供蛋白質(zhì)序列及其三維空間晶體學(xué)原子坐標(biāo)．其中受體-配體、抗原-抗體、底物-酶復(fù)合物等相互作用分子的共結(jié)晶圖譜是基于同源比較的分子設(shè)計(jì)所需的最佳模型，因此 PDB 數(shù)據(jù)庫(kù)為初步的蛋白質(zhì)合理設(shè)計(jì)提供了重要的知識(shí)來源。由于 PDB 主要由生物大分子三維結(jié)構(gòu)所組成，它具有以下幾種功能：

(1)能夠查找目的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)；

(2)可進(jìn)行一級(jí)或高級(jí)結(jié)構(gòu)的簡(jiǎn)單分析；

(3)與互聯(lián)網(wǎng)上的其它一些數(shù)據(jù)庫(kù)，如GDB、GenBank、SWISS-PROT、PIR 等鏈接，從而可查詢蛋白質(zhì)的其它信息；

(4)可下載有關(guān)結(jié)構(gòu)信息以供進(jìn)一步使用.可通過關(guān)鍵詞,PDB 標(biāo)識(shí)符等進(jìn)行查詢.在序列分析中，PDB 主要可應(yīng)用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和結(jié)構(gòu)同源性比較。其中NRL-3D 數(shù)據(jù)庫(kù)則是 PDB 數(shù)據(jù)庫(kù)中所有蛋白質(zhì)序列的信息。該數(shù)據(jù)庫(kù)允許進(jìn)行基于結(jié)構(gòu)的序列比較，網(wǎng)址為：http://www.rcsb.org/pdb/。