一般來(lái)說(shuō),利用質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)主要有兩種方法:肽質(zhì)量指紋圖譜（PMF）和肽序列標(biāo)簽分析（sequence tag analysis）。這兩種方法較傳統(tǒng)的 N 端測(cè)序或內(nèi)部 Edman 測(cè)序法敏感數(shù)百倍，其檢測(cè)低限為飛摩爾（fmol）水平（如銀染的 2D膠點(diǎn)或 1D 膠帶）。然而，足夠多的樣品蛋白量可以增加識(shí)別的成功率，這是因?yàn)樵龃髽悠返鞍琢靠梢钥朔恍┪廴疚锏母蓴_（如角蛋白，在樣品中的存在非常常見）。數(shù)據(jù)庫(kù)的檢索是利用計(jì)算機(jī)程序算法將實(shí)驗(yàn)測(cè)得的肽質(zhì)量數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)的肽質(zhì)量計(jì)算值進(jìn)行相關(guān)性比較分析，從而得出可能蛋白質(zhì)的概率并將相關(guān)性最好的結(jié)果排序，這是凝膠分離蛋白質(zhì)鑒定的最常用手段。

這種檢索途徑有一個(gè)明顯的限制，就是被鑒定的蛋白質(zhì)必須在序列數(shù)據(jù)庫(kù)（蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)和核酸序列翻譯數(shù)據(jù)庫(kù)）中存在。PMF 檢索鑒定蛋白質(zhì)是依據(jù)實(shí)驗(yàn)中獲得的蛋白質(zhì)的多個(gè)肽段質(zhì)量數(shù)據(jù)與同一蛋白質(zhì)肽段質(zhì)量理論計(jì)算值的之間的相關(guān)性比較。因此，這一技術(shù)不適用于檢索 EST 翻譯序列，也不適用于鑒定蛋白質(zhì)的混合物。而肽序列標(biāo)簽分析（sequence tag analysis）可適用于檢索EST 數(shù)據(jù)庫(kù)。對(duì)PMF 數(shù)據(jù)，主要搜索Swiss Prot (速度快但不全面)和NCBI (速度雖慢但包含更多的信息)數(shù)據(jù)庫(kù)。如果你認(rèn)為你的蛋白質(zhì)可能為新的蛋白質(zhì)，選擇NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)，標(biāo)準(zhǔn)搜索選擇Swiss Prot 數(shù)據(jù)為好。如果需要，也可搜索EST數(shù)據(jù)庫(kù)（用MS/MS數(shù)據(jù)按搜索更有效）。

檢索條件的設(shè)置與結(jié)果判斷：

1.肽片段質(zhì)量選擇在 800-4000Da 范圍。

2.氨基 酸 殘 基 的 修 飾 （ Modifications ）：半 胱 氨 酸 為 脲 甲 基 半 胱 氨 酸（Cardamidomethyl-Cys），蛋氨酸選擇可變修飾—氧化。

3. 最大允許的肽質(zhì)量誤差（ Mass Tolerances），與儀器性能和數(shù)據(jù)質(zhì)量有關(guān)，一般設(shè)為±0.1Da，最大為±0.5Da，質(zhì)量誤差愈小，搜索的特異性愈高。

4. 不完全酶解位點(diǎn)數(shù)目（Missed cleavages）：每個(gè)肽允許有 2 個(gè)不完全裂解位點(diǎn)，一般選 1（如果蛋白充分變性且酶解完全）。

5. 參考蛋白質(zhì)表觀分子量和等電點(diǎn)，表觀 PI 誤差范圍為±0.5pH，表觀 Mr 誤差為范圍為±20%。一般情況下不選此項(xiàng)，在判讀結(jié)果時(shí)參考。

6. 物種選擇：限定物種。

7. 離子選擇：[M+H]+，單同位素

8. 最少匹配肽片段規(guī)定為 4。