TECHNICAL COLUMN
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眾所周知,在細胞膜或者膜結(jié)構(gòu)上有很多跨膜蛋白,它們有些片段在細胞外,有些片段在細胞內(nèi),分別發(fā)揮著不同的功能。對于研究比較程度的蛋白指標而言,小伙伴們都可以通過成熟的數(shù)據(jù)庫平臺進行查閱,比如:我們的老朋友平臺:Uniprot

下面均以EGFR(P00533)蛋白為例,展示如何查找或者預(yù)測蛋白質(zhì)的胞內(nèi)與胞外分布:
已知蛋白,UniProt:
1.查找蛋白指標:VEGF,找到對應(yīng)的種屬蛋白:

2.點擊亞細胞定位(Subcellular location)

3.往下翻找到Topology(拓撲學(xué)),了解胞內(nèi),胞外分布:

未知蛋白(暫無數(shù)據(jù)庫提供胞內(nèi)胞外分布),Topcons
1.打開Topocons網(wǎng)站:http://topcons.cbr.su.se/

2.如上圖,在文本框中導(dǎo)入相關(guān)序列的FASTA格式序列(必須含>sp...相關(guān)內(nèi)容),建議提供您的郵箱(結(jié)果預(yù)測出來后,會給您發(fā)郵件,如下圖),然后點擊提交(Submit)即可。

3. 觀察結(jié)果:藍色表示胞外部分(26-644 aa);紅色表示胞內(nèi)部分(666-1210 aa)。

通過上述2種方法對比發(fā)現(xiàn),其實Topcons預(yù)測結(jié)果,與實驗驗證的數(shù)據(jù)庫Uniprot結(jié)果非常接近,可信度非常棒!
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