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超高靈敏度和特異性miRNA定量方法——雙尾RT-qPCR

發(fā)布者:艾美捷科技    發(fā)布時(shí)間:2021-04-07     
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前情回顧:miRNA絕對定量的唯一方法——miREIA


越來越多的研究表明,miRNA是許多人類病理學(xué)中有潛力的診斷和預(yù)后生物標(biāo)志物,但如何準(zhǔn)確對miRNA進(jìn)行定量檢測一直是個(gè)難題。

上一期我們講到過miRNA的免疫定量的方法——miREIA,介紹了通過免疫法定量miRNA的試劑盒,但目前常規(guī)用于miRNA定量的試劑盒都是基于PCR法的,我們有沒有基于PCR法的miRNA檢測試劑盒呢,肯定是有的,今天小艾給大家?guī)砹松?jí)版的基于PCR法的miRNA定量檢測試劑盒——雙尾RT-qPCR。


microRNA PCR檢測

市面上常見的miRNA定量檢測試劑盒原理


BioVendor專利產(chǎn)品——雙尾RT-qPCR


我們專利的雙尾RT-qPCR技術(shù),具有獨(dú)特的RT引物機(jī)制,與其他方法相比,可提供出色的靈敏度和特異性。雙尾RT-qPCR技術(shù)已被開發(fā)用于總的miRNA和piRNA的定量。


雙尾RT-qPCR原理:與使用單個(gè)結(jié)合探針不同,雙尾PCR使用兩個(gè)半探針,它們分別結(jié)合到不同的microRNA片段上,這些片段通過折疊的系鏈連接。雖然每個(gè)半探針本身都很短, 無法結(jié)合到microRNA上,但當(dāng)兩個(gè)半探針互補(bǔ)時(shí),它們會(huì)協(xié)同結(jié)合,這種結(jié)合的特異性是非常高的,因?yàn)樵诙贪胩结樦绣e(cuò)配的影響非常大。然后可以使用兩個(gè)特定序列引物對形成的cDNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,用SYBR進(jìn)行檢測。


雙尾RT-qPCR原理

雙尾RT-qPCR優(yōu)勢:


高靈敏度(最多少于10個(gè)分子)

高特異性

適合于多種樣本(血漿/血清,血液,組織等)中的miRNA檢測和定量

通過折疊的系鏈連接的兩個(gè)半探針(結(jié)合不同的microRNA片段)

動(dòng)態(tài)范圍廣(高達(dá)9 log)

在進(jìn)行單重qPCR之前,可進(jìn)行雙管多重RT-PCR

提供定制化服務(wù)


1.高靈敏度及特異性:


5?互補(bǔ)片段顯著提高分析的靈敏度:


5?互補(bǔ)片段顯著提高分析的靈敏度

5? 互補(bǔ)片段顯著提高檢測的特異性:


5? 互補(bǔ)片段顯著提高檢測的特異性

5′-hemiprobe的特異性及靈敏度驗(yàn)證:為了測試5′-hemiprobe對特異性的貢獻(xiàn),我們比較了兩種雙尾RT引物區(qū)分Let-7 miRNA家族的兩個(gè)成員:Let-7a和Let-7f的能力,它們僅有位于miRNA序列中心的單個(gè)核苷酸的差異。RT 1引物的5'-hemiprobe設(shè)計(jì)成與let-7a的5'-末端的前十個(gè)核苷酸結(jié)合, 而RT 2引物的5'-hemiprobe結(jié)合在let-7a的8個(gè)核苷酸上,通過這種設(shè)計(jì),區(qū)分let-7a和let-7f的核苷酸只是由RT 2引物的5′-hemiprobe檢測的,而不是由RT 1引物檢測的。RT 2引物的5′-hemiprobe也很短(8個(gè)核苷酸),因?yàn)槲覀冋J(rèn)為探針序列較短時(shí)錯(cuò)配的影響會(huì)更加明顯。其余的RT 1和RT 2引物序列以及所用的PCR引物是完全相同的。使用RT 2引物時(shí),完全匹配和錯(cuò)配的模板之間的ΔCq(ΔCq= 11.07)顯著大于使用RT 1引物(ΔCq = 4.66),不帶有5′-hemiprobe的不同堿基重疊的RT 2引物,而不是不帶有RT 1引物的RT 2引物。這證明了5'-半探針對系統(tǒng)特異性的重大貢獻(xiàn)。值得注意的是,兩種雙尾RT引物完全互補(bǔ)的let-7a microRNA的Cq值相等,表明即使5′-hemiprobe的長度有兩個(gè)堿基的不同,檢測靈敏度仍然相同。


2.適用樣本類型豐富:


5′-hemiprobe

5′-hemiprobe

血漿/ 血清/ 尿液/ 腦脊液/ 生物液體新鮮組織,冷凍/福爾馬林固定組織的

5′-hemiprobe

細(xì)胞,外泌體

3.檢測流程簡便:

5′-hemiprobe 檢測流程

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