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DNA甲基化的研究目前也是熱門(mén)的研究之一,大量研究表明,DNA甲基化能引起染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變,從而調(diào)控基因性狀的表達(dá)。 基因表達(dá)以及幾乎所有類(lèi)型的癌癥的發(fā)展也與DNA甲基化有關(guān)。
那什么是DNA甲基化呢?DNA甲基化是通過(guò)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶在胞嘧啶環(huán)的第5個(gè)碳原子上共價(jià)加成甲基而產(chǎn)生的,從而產(chǎn)生5-甲基胞嘧啶(5-mC),在體細(xì)胞中,幾乎僅在二核苷酸CpG的對(duì)稱甲基化配對(duì)中發(fā)現(xiàn)了5-mC,而在胚胎干(ES)細(xì)胞中,在非CpG中也觀察到了大量的5-mC。5-mC作為表型和基因表達(dá)的主要表觀遺傳修飾的生物學(xué)重要性已得到廣泛認(rèn)可。
那么有哪些研究方向和方法以及產(chǎn)品值得推薦的產(chǎn)品來(lái)研究DNA甲基化呢?
對(duì)甲基化的研究,總的來(lái)說(shuō)大致可以分為三大類(lèi):
1、針對(duì)DNA甲基化這類(lèi)的研究最多,其中修飾也是最為穩(wěn)定的類(lèi)型;
2、組蛋白的甲基化修飾以及乙酰化;
3、RNA甲基化修飾,雖然RNA的修飾有100多種,但主要以A堿基上的6mA甲基化修飾為主,現(xiàn)在關(guān)于此的研究也非常火。
研究第一步:DNA提取與DNA甲基化定量檢測(cè)
Epigentek可提供相關(guān)的DNA準(zhǔn)備試劑盒,DNA樣品可以從細(xì)胞,組織和體液中制備,并且是大多數(shù)DNA甲基化應(yīng)用和測(cè)定法中最常用的起始材料。高效,精確和高質(zhì)量的DNA分離是成功進(jìn)行基于DNA的實(shí)驗(yàn)的關(guān)鍵前提。
| 詳情查看:1、表觀遺傳之DNA甲基化<一> |
研究第二步:研究DNA甲基化的技術(shù)手段:一類(lèi)是IP類(lèi)的,代表作就是DNA甲基化免疫共沉淀技術(shù)(MeDIP-seq),另外一類(lèi)重亞硫酸鹽處理技術(shù)。詳細(xì)介紹和產(chǎn)品推薦點(diǎn)擊下方信息:
| 詳情查看:1、表觀遺傳之DNA甲基化<二> |
進(jìn)階研究:如何檢測(cè)單個(gè)基因的5mC、5hmC和m6A的量呢?
| 詳情查看:1、如何定量檢測(cè)目的基因甲基化水平——m6A? 5mC?5hmC? |
產(chǎn)品推薦
一、DNA樣本提取試劑盒
| FitAmp通用組織切片DNA分離試劑盒Cat #P-1003 | FitAmp血漿/血清DNA分離試劑盒 cat#p-1004 | FitAmp尿液DNA分離試劑盒 cat#p-1017 | FitAmp血液和培養(yǎng)細(xì)胞DNA提取試劑盒 cat#p-1018 | FitAmp凝膠DNA分離試劑盒 cat#p-1007 | FitAmp石蠟組織切片DNA分離試劑盒 cat#p-1009 | |
| 形式 | spin column | spin column | spin column | spin column | spin column | spin column |
| 結(jié)合能力 | 5 ?g | 5 ?g | 5 ?g | 5 ?g | 5 ?g | 5 ?g |
| 回收率 | >70% | >70% | >70% | >70% | >70% | >70% |
| 起始材料 | 組織切片 | 血漿,血清或體液 | 尿液 | 血液白細(xì)胞或培養(yǎng)的哺乳動(dòng)物細(xì)胞 | 低熔點(diǎn)瓊脂糖凝膠 | 福爾馬林固定,石蠟包埋的組織 |
| 輸入量 | 低至1 ng | 低至1 ng | 1 ng to 2 ?g | 1 ng to 4 ?g | 1 ng to 1 ?g | 1 ng to 2 ?g |
| 時(shí)間 | 2h | 12min | 20min | 20min | <15min | 2h |
二、DNA甲基化定量檢測(cè)試劑
| MethylFlash甲基化DNA定量試劑盒(比色) Cat #P-1034 | MethylFlash Global DNA甲基化(5-mC)ELISA簡(jiǎn)易試劑盒(比色) Cat #P-1030 | MethylFlash Global DNA羥甲基化(5-hmC)ELISA簡(jiǎn)易試劑盒(比色) Cat #P-1032 | MethylFlash 5-甲酰基胞嘧啶(5-fC)DNA定量試劑盒(比色) Cat #P-1041 | |
| 目的 | 比色法檢測(cè)DNA中的5mC | 比色法檢測(cè)DNA中的5mC | 比色法檢測(cè)DNA中的5hmC | 比色法檢測(cè)DNA中的5fC |
| 關(guān)鍵點(diǎn) | 在主要期刊中被高度引用的方法 與HPLC-MS可比的結(jié)果 | 減少交叉變化并提高準(zhǔn)確性 快速便捷的“一步式”測(cè)定反應(yīng) | 強(qiáng)大的第四代MethylFlash技術(shù)應(yīng)用于5hmC研究 | 強(qiáng)大的MethylFlash技術(shù)應(yīng)用于5fC研究 |
| 起始材料 | DNA | DNA | DNA | DNA |
| 輸入范圍 | 50-200 ng | 20-200 ng | 50-200 ng | 100-300 ng |
| 最佳輸入量 | 100 ng | 100 ng | 100 ng | 300 ng |
| 總時(shí)長(zhǎng) | 4 hours | 2 hours | 2 hours | 4 hours |
| 檢測(cè)閾值 | 200 pg of meDNA | 50 pg of meDNA | 10 pg of hMeDNA | 1 pg of fC DNA |
| 檢測(cè)到的甲基化類(lèi)型 | 5-甲基胞嘧啶 | 5-甲基胞嘧啶 | 5-羥甲基胞嘧啶 | 5-甲酰基胞嘧啶 |
| 特異性 | >1000:1 meDNA:unMeDNA | >1000:1 meDNA:unMeDNA | >1000:1 hMeDNA:unMeDNA | >1000:1 fC DNA:unMeDNA |
| 形式 | ELISA-like Microplate-based | ELISA-like Microplate-based | ELISA-like Microplate-based | ELISA-like Microplate-based |
三、DNA甲基化修飾相關(guān)產(chǎn)品:利用DNA甲基化修飾研究手段——DNA亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化技術(shù)產(chǎn)品推薦:
| Methylamp DNA Modification Kit Cat #P-1001 | BisulFlash DNA Modification Kit Cat #P-1026 | Methylamp Whole Cell Bisulfite Modification Kit Cat #P-1016 | |
| 代碼名稱 | “經(jīng)典” | “快速” | “直接” |
| 目的 | 基于化學(xué)的DNA亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化 | 基于快速熱基的DNA亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化 | 直接從細(xì)胞,組織,唾液,尿液或血液中轉(zhuǎn)化 |
| 關(guān)鍵點(diǎn) | 1. 兼容Illumina工作流程 2. 最堅(jiān)固可靠 3. 亞硫酸氫鹽測(cè)序,NGS和各種MSP的理想選擇 | 1. 極快 2. 實(shí)時(shí)MSP的理想選擇 3. 可選的測(cè)序方案 | 1. 消除了分離DNA的步驟 2. 非常適合包含少量DNA的樣品 |
| 起始原料 | DNA | DNA | 細(xì)胞,組織,血液 |
| 最低輸入量 | 50 pg | 200 pg | 100 細(xì)胞, 1 ?l 血液 |
| 操作總時(shí)長(zhǎng) | < 2 h | 30 min | < 3 h |
| 洗脫體積 | 8-20 ?l | 10-20 ?l | 8-20 ?l |
| 轉(zhuǎn)換效率 | 99.9% | 99.9% | 99.9% |
| 脫硫/凈化 | √ | √ | √ |
| 回收率 | >75% | >75% | >85% |
| 轉(zhuǎn)換后DNA片段大小 | 200-2000 bp; Avg. Peak of 800 bp | 100-400 bp; Avg. Peak of 250 bp | 200-2000 bp; Avg. Peak of 800 bp |
| 形式 | 旋轉(zhuǎn)柱 | 旋轉(zhuǎn)柱 | 旋轉(zhuǎn)柱 |
四、甲基化DNA免疫沉淀(meDIP)是一種基于抗體的大規(guī)模技術(shù)
| Methylamp甲基化DNA捕獲(MeDIP)試劑盒 Cat #P-1015 | EpiQuik羥甲基化DNA免疫沉淀(hMeDIP)試劑盒 Cat #P-1038 | EpiQuik MeDIP Ultra KitCat #P-1052 | EpiQuik甲基化DNA免疫沉淀試劑盒 cat#P-2019 | EpiQuik組織甲基化DNA免疫沉淀試劑盒 cat#P-2020 | |
| 目的 | 富集并捕獲甲基化的DNA片段 | 富集并捕獲羥甲基化的DNA片段 | 從低起始輸入中富集并捕獲甲基化的DNA片段 | 直接從細(xì)胞裂解物中富集并捕獲甲基化的DNA片段 | 直接從組織中富集并捕獲甲基化的DNA片段 |
| 關(guān)鍵點(diǎn) | 1. PCR和微陣列的理想選擇 2.兼容Illumina工作流程 | 1. 與下游工作流程兼容,包括hMeDIP-PCR和hMeDIP-chip | 1. MeDIP-Seq的理想選擇 2.兼容Illumina 3. 工作流程 最敏感和最具體 | 1. 通過(guò)直接從細(xì)胞中免疫沉淀meDNA片段2. 消除了DNA分離步驟 | 1. 通過(guò)直接從組織中免疫沉淀meDNA片段2. 消除了DNA分離步驟 |
| 起始原料 | DNA | DNA | DNA | 細(xì)胞 | 組織 |
| 最低輸入量 | 0.2-1 ?g | 0.1 ?g | 50 ng DNA (10,000 cells) | 100,000 cells | 10mg |
| 操作總時(shí)長(zhǎng) | < 3 hours | < 3 hours | < 3 hours | < 4 hours | <3.5h |
| 富集效率 | > 98% | > 99% | > 99% | > 95% | > 95% |
| 轉(zhuǎn)換效率 | 99.9% | 99.9% | 99.9% | 99.9% | 99.9% |
| 包含高度特異性的抗體 | √ | √ | √ | √ | √ |
| 包括DNA純化柱 | √ | √ | √ | √ | |
| 容器形式 | 96孔板 | 96孔板 | 96孔板 | 96孔板 | 96孔板 |
五、檢測(cè)A基因的DNA 5mC甲基化水平產(chǎn)品:MSP/IP
| 產(chǎn)品A | 產(chǎn)品B |
| Cat#p-1026 BisulFlash DNA Modification Kit | Cat#p-1028 Methylamp MS-qPCR Fast Kit |
| 搭配描述:客戶可用自己的方式提取DNA,再用p-1026進(jìn)行亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換,轉(zhuǎn)換后甲基化的5-mC保持不變,沒(méi)有甲基化C轉(zhuǎn)換成U。之后用p-1028進(jìn)行MS-qPCR,針對(duì)目的基因設(shè)計(jì)一對(duì)靶向甲基化區(qū)域的引物進(jìn)行PCR即可。而且用我們的MS-qPCR可將時(shí)間縮短到70min(1h 10min)鐘喲,普通的一般需要(2.5h) | |
| Cat# p-1015:Methylamp Methylated DNA Capture (MeDIP) Kit Cat# p-1052:EpiQuik MeDIP Ultra Kit | Cat# p-1028:Methylamp MS-qPCR Fast Kit Cat# p-1029: EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit |
| 搭配描述:客戶可用自己的方式提取DNA,再用p-1015或者p-1052進(jìn)行5mC甲基化DNA下拉富集,再用p-1028進(jìn)行甲基化特異性PCR實(shí)驗(yàn),進(jìn)行特異基因甲基化的定量。也可以使用p-1029進(jìn)行qPCR。(廠家推薦:p-1052&p-1029;) | |
六、定量檢測(cè)A基因的 5hmC甲基化水平
| 產(chǎn)品A | 產(chǎn)品B |
| Cat# p-1038:EpiQuik? Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation (hMeDIP) Kit | Cat# p-1029: EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit |
| 搭配描述:客戶可用自己的方式提取DNA,再用p-1038進(jìn)行5hmC甲基化DNA下拉富集,再用p-1029,進(jìn)行特異基因5hmC甲基化的定量。 | |
七、定量檢測(cè)A基因的 RNA m6A甲基化水平
| 產(chǎn)品A | 產(chǎn)品B |
| Cat# p-9018:EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit Cat# 202-003:m6A 抗體 | Cat# p-1029: EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit |
| 搭配描述:客戶可用自己的方式提取RNA,用p-9018進(jìn)行m6A RNA富集,將富集后的m6A RNA進(jìn)行發(fā)轉(zhuǎn)錄后,進(jìn)行qPCR。也可以使用我們的m6A抗體,進(jìn)行IP實(shí)驗(yàn),我們的m6A抗體適用實(shí)驗(yàn)類(lèi)型多,物種廣,參考文獻(xiàn)多,感興趣的歡迎前來(lái)垂詢~~(目前p-9018和202-003都是現(xiàn)貨~~) | |
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