TECHNICAL COLUMN
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1 蛋白質(zhì)序列的檢索
1.1 從 NCBI 檢索蛋白質(zhì)序列
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Protein
一般來(lái)說(shuō),利用質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)主要有兩種方法:肽質(zhì)量指紋圖譜(PMF)和肽序列標(biāo)簽分析(sequence tag analysis)。這兩種方法較傳統(tǒng)的 N 端測(cè)序或內(nèi)部 Edman 測(cè)序法敏感數(shù)百倍,其檢測(cè)低限為飛摩爾(fmol)水平(如銀染的 2D膠點(diǎn)或 1D 膠帶)。
樣品制備是雙向電泳中最關(guān)鍵的一步,將直接影響 2-DE 結(jié)果好壞。目前并沒(méi)有一個(gè)通用的樣品制備方法,盡管處理方法多種多樣,但都遵循幾個(gè)基本的原則:1)盡可能的提高樣品蛋白的溶解度,抽提最大量的總蛋白,減少蛋白質(zhì)的損失;2)減少對(duì)蛋白質(zhì)的人為修飾;3)破壞蛋白質(zhì)與其他生物大分子的相互作用,并使蛋白質(zhì)處于完全變性狀態(tài)。
收集細(xì)胞。將培養(yǎng)瓶置于冰上,倒掉培養(yǎng)基,用PBS 或生理鹽水漂洗兩次,留適量液體于瓶?jī)?nèi),然后用特制的細(xì)胞刮棒朝一個(gè)方向刮取細(xì)胞。將細(xì)胞懸液轉(zhuǎn)移到離心管,離心取沉淀,-800C 保存。(收集細(xì)胞要迅 速 ,
組織病理技術(shù)組織處理:1.取新鮮組織厚度不超過(guò) 5mm,10% 中性福爾馬林固定,大于 24 小時(shí)。2.固定后沖水 12-24 小時(shí),3.75%酒精,1 次,1 小時(shí),4.85%酒精,1 次,1 小時(shí),5.95%酒精,3 次,1 小時(shí)
一、目的基因的克隆(以pshuttl-CMV質(zhì)粒為例)1.選擇適當(dāng)酶切位點(diǎn),進(jìn)行酶切連接,將目的片段插入 pshuttl-CMV 質(zhì)粒多克隆位點(diǎn)。
ELISPOT1.PBS 溶解抗原為 30 μg/ml,加 100 μl/孔于 PVDF 膜鋪底的 96 孔滅菌板過(guò)夜;2. 第二天吸去包被液后,加 5%FCS 的 PRMI 1640 培養(yǎng)基 100 μl 封閉 1 小時(shí),37 oC;3. 準(zhǔn)備脾
1.將 E.coli /phage lysate 以 1:10-20 稀釋在 TBST 溶液中。
2.將 4 張 82mm 的 nitrocellulose membranes(NC)浸入稀釋后的 E.coli/ phage
lysate 中,室溫下水平搖動(dòng) 30 分鐘,取出 NC 并使膜瀝干。
3.用 50ml TBST 溶液洗膜 3 次,每次 10 分鐘。
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